Rozgrywki toczyły się w pięciu grupach: Nord (Północ), Nordost (Północny-Wschód), West (Zachód), Südwest (Południowy-Zachód) oraz Bayern (Bawaria) i występowały w nich łącznie 102 drużyny. Po zakończeniu sezonu mistrzowie grup "Nordost", "West" i "Südwest" uzyskały bezpośredni awans do 3. Ligi, natomiast mistrzowie grup "Nord" i "Bayern" grali między sobą baraż o awans na III szczebel. Najsłabsze drużyny z każdej grupy zostały relegowane do Oberligi (w przypadku Regionalligi Bayern jest to spadek do Bayernligi).
Wpływ pandemii COVID-19 na rozgrywki Regionalligi
Ze względu na przedwczesne zakończenie rozgrywek 2019/20 żadna drużyna nie została relegowana do Oberligi. Spowodowało to zwiększenie liczby uczestników w poszczególnych grupach, co miało zostać wyrównane po tym sezonie poprzez zdegradowanie większej ilości drużyn. Ostatecznie jednak kolejne fale pandemii spowodowały przedwczesne zakończenie rozgrywek Regionalligi Nord, Nordost i Bayern, w którym ostateczną pozycję liczono na podstawie średniej punktów. Ponadto, przedwcześnie zakończono większość rozgrywek Oberligi, w związku z czym nie było drużyn awansujących do Regionallig, w związku z czym zmniejszono liczbę spadkowiczów.
Grupa Nord (Północ)
Format
Ze względu na dużą ilość drużyn postanowiono podzielić Regionalligę Nord na dwie grupy: północną i południową. Pierwotnie, po 5 najlepszych drużyn z obu grup miało kwalifikować się do grupy mistrzowskiej, natomiast reszta do grupy spadkowej. Ostatecznie jednak ze względu na przedwczesne zakończenie sezonu plany nie doszły do skutku i zdecydowano, że najlepsza drużyna, która ubiegała się o licencję na grę w 3. Lidze uzyska przywilej gry w barażach o awans.
↑ abcdSC Weiche Flensburg 08, FC Eintracht Norderstedt 03, SV Drochtersen/Assel i 1. FC Phönix Lübeck nie ubiegały się o licencję na grę w 3. Lidze[6].
Źródło: Tabela Oznaczenia: (M) – tytuł mistrzowski, (A) – awans, (S) – spadek. Zasady ustalania kolejności:1. liczba zdobytych punktów; 2. różnica goli. Objaśnienia: 1Pierwotnie miało być 5 spadkowiczów do Oberligi, jednak w związku z przedwczesnym zakończeniem sezonu we wszystkich 3 Oberligach, z których drużyny awansują do Regionalligi West, spadła tylko jedna drużyna - SV Bergisch Gladbach 09, natomiast utrzymanie uzyskały tym sposobem FC Wegberg-Beeck, Rot Weiss Ahlen, Bonner SC i VfB Homberg.
Źródło: Tabela Oznaczenia: (M) – tytuł mistrzowski, (A) – awans, (S) – spadek. Zasady ustalania kolejności:1. liczba zdobytych punktów; 2. różnica goli. Objaśnienia: 1Pierwotnie miało być 6 spadkowiczów do Oberligi, jednak w związku z przedwczesnym zakończeniem sezonu we wszystkich 4 Oberligach, z których drużyny awansują do Regionalligi Südwest, spadły tylko dwie drużyny - FC Bayern Alzenau oraz TSV Eintracht Stadtallendorf, natomiast utrzymanie uzyskały tym sposobem 1. FSV Mainz 05 II, FC Astoria Walldorf, SG Sonnenhof Großaspach i TSV Schott Mainz.
Lokalizacja klubów grających w Regionallidze Bayern 2020/21
Ze względu na pandemię koronawirusa Regionalliga Bayern w sezonie 2020/21 była de facto kontynuacją sezonu 2019/20, z którego nikt nie spadł, a jedynie do 3. Ligi awansował mistrz - Türkgücü Monachium. Ponadto, nikt nie awansował z Bayernligi, dlatego w drugiej części "sezonu" liga liczyła 17 drużyn:
↑1. FC Nürnberg II nie ubiegało się o licencję na grę w 3. Lidze[21].
Grupa barażowa
Pierwotnie w grupie barażowej znaleźć się miały 4 zespoły, jednak rezerwy 1. FC Nürnberg nie ubiegały się o licencję na grę w 3. Lidze. W związku z tym pozostałe 3 drużyny walczyły o prawo udziału w barażach z przedstawicielem grupy Nord o awans do 3. Ligi na sezon 2021/22.
Źródło: Tabela Oznaczenia: (M) – tytuł mistrzowski, (A) – awans, (S) – spadek. Zasady ustalania kolejności:1. liczba zdobytych punktów; 2. różnica goli.
Baraże o 3. Ligę
W barażach o 3. Ligę miały pierwotnie wystąpić drużyny, które wygrają grupy mistrzowskie w Regionallidze Nord i Bayern. W Bawarii, mimo mniejszej ilości drużyn niż planowano, rozegrano grupę barażową, w której najlepszy okazał się 1. FC Schweinfurt 05. W Regionallidze Nord z kolei z powodu przedwczesnego zakończenia sezonu przedstawicielem została najwyżej sklasyfikowana drużyna, która ubiegała się o licencję na 3. Ligę - TSV Havelse. Baraże ostatecznie wygrała drużyna z Dolnej Saksonii, pokonując rywala w dwumeczu 2:0.
↑Regionalliga Nord w sezonie 2020/21 została podzielona na dwie grupy, z których najlepsze drużyny miały rywalizować o miano mistrza Regionalligi Nord i awans do baraży o 3. Ligę. W związku z pandemią koronawirusa rozgrywki zostały jednak przedwcześnie zakończone, co spowodowało brak mistrza ligi. Do baraży została zgłoszona jedyna drużyna, która złożyła wniosek o licencję na grę w 3. Lidze - TSV Havelse.
↑W barażach o awans do 3. Ligi wystąpił mistrz grupy barażowej - 1. FC Schweinfurt 05.