Endō pochodzi z miasta Kagoshima. Piłkarską karierę rozpoczął w tamtejszym juniorskim klubie Sakurajima. Następnie trenował w innym klubie z tego miasta, Kagoshima Jitsugyo, a następnie wyjechał do Jokohamy i został piłkarzem Yokohama Flügels. 1 stycznia 1998 został włączony do kadry pierwszej drużyny, a 21 marca zadebiutował w J-League w wygranych 2:1 derbach z Yokohama F. Marinos. Natomiast 1 sierpnia w spotkaniu z Verdy Kawasaki (4:2) zdobył swoją pierwszą bramkę w profesjonalnej karierze. W drużynie Flügels występował przez rok, a po rozwiązaniu klubu 1 stycznia 1999 przeniósł się do Kyoto Purple Sanga. Tam z kolei grał przez dwa sezony, jednak zespół głównie bronił się przed spadkiem do drugiej ligi.
1 stycznia 2001 Endō zmienił barwy klubowe i został piłkarzem japońskiego klubu Gamba Osaka. 10 marca rozegrał dla niej swoje pierwsze spotkanie, jednak piłkarze z Osaki ulegli na wyjeździe 0:2 Avispie Fukuoka. W Gambie szybko stał się podstawowym zawodnikiem zespołu i czołowym graczem drużyny. W 2003 roku został wybrany do jedenastki sezonu, a ten indywidualny sukces powtórzył także w trzech kolejnych sezonach. W 2002 roku zajął 3. miejsce w J-League, a w 2005 roku po raz pierwszy w karierze został mistrzem Japonii (33 mecze i rekordowe 10 goli w sezonie). W latach 2004, 2006 i 2007 zajmował 3. pozycje w lidze.
Kariera reprezentacyjna
Był reprezentantem Japonii w kategoriach wiekowych: U-20 i U-23. W 1999 roku z kadrą U-20 wywalczył wicemistrzostwo świata w tej kategorii wiekowej.