O clube foi fundado em 30 de abril de 1917. Em 1989, o Progreso venceu a Primeira Divisão do Uruguai, o único campeonato na história do campeonato uruguaio a usar o formato round-robin único (13 jogos). Este formato deveu-se a um conflito de calendário com algumas taças nacionais e internacionais daquele ano. O presidente do Progreso na época era o Dr. Tabaré Vázquez, que mais tarde se tornou o presidente do Uruguai.
O primeiro kit de equipe de Progreso em 1917 era branco com listras pretas. O kit expressa a afinidade da equipe com o movimento anarquista. As cores foram posteriormente alteradas para vermelho e amarelo, as cores da Catalunha, que ficou conhecida por sua identificação com a Revolução Espanhola.
BandeiraArquibancadas do estádio Abraham Paladino
Esteve licenciado das competições de futebol profissional no ano de 2010/11, em virtude de uma série de dívidas. Depois de quitar as dívidas filiou-se novamente a AUF voltando a disputar a Segunda divisão na temporada 2011/12.
