O Duque de Bragança, que se coroou como João IV, Rei de Portugal, era seu primo. Esse movimento produziu notória inquietude na Península e se desconfiou da lealdade do vice-rei. Por sugestão do Conde-Duque de Olivares, e por instruções da Coroa, Juan de Palafox se trasladou ocultamente a Cidade do México, e reunidas as autoridades na noite de 19 de junho de 1642, fez arrestar a López de Pacheco e o conduz preso ao convento de Churubusco e depois a San Martín Texmelucan.