Posteriormente, D. Fernando herdaria também o Ducado de Viseu do seu tio, o Infante D. Henrique, pelo facto de ser o seu principal herdeiro e com as mesmas «obrigações régias», tornando-se o seu 2.º Duque.
O seu filho, D. Manuel, 4.º Duque de Beja, tornou-se Rei de Portugal depois da morte, sem herdeiros, de D. João II. A partir daí o título foi incorporado na coroa, ficando reservado ao segundo filho varão do monarca, quando o houvesse; com a instituição da Casa do Infantado, em 1654, ficou sendo um dos títulos subsidiários da mesma; a partir de D. Pedro IV e a extinção da Casa do Infantado, o título manteve-se, mas perdeu a sua posição em favor do título de Duque do Porto, passando o Ducado de Beja a ser atribuído ao terceiro varão do monarca. Seis dos titulares do Ducado de Beja acabaram, incidentalmente, por herdar o trono (um deles como consorte régio).
2. D. João de Beja, filho do predecessor, 3.º Duque de Viseu (1470-1472)
3. D. Diogo de Beja, irmão do predecessor, 4.º Duque de Viseu (1472-1484)
4. D. Manuel de Beja, irmão do predecessor, 5.º Duque de Viseu e, depois, Rei de Portugal como D. Manuel I (1484-1521); reintegrado na Coroa com a ascensão do titular à dignidade régia.
5. D. Luís de Portugal, filho do predecessor, Infante de Portugal (1506-1555); por sua morte sem descendentes considerados legítimos, o título reverteu de novo para a Coroa.
10. D. Pedro de Bragança(Pedro II de Portugal) filho de D. João IV, Infante e depois Rei de Portugal como D. Pedro II (1648-1706); reintegrado na Coroa com a ascensão do titular à dignidade régia.
11. D. Francisco de Bragança, filho segundo do predecessor, Infante de Portugal (1706-1742); por sua morte sem descendentes legítimos, o título reverteu de novo para a Coroa.
12. D. Pedro de Bragança, filho segundo de D. João V, Infante de Portugal, Príncipe da Beira e do Brasil, e depois Rei-Consorte de Portugal, como D. Pedro III pelo casamento com a sobrinha D. Maria I (1742-1777); reintegrado na Coroa com a ascensão do titular à dignidade régia.
13. D. João de Bragança, filho segundo do predecessor, Infante e, depois, Rei de Portugal como D. João VI (1777-1816); reintegrado na Coroa com a ascensão do titular à dignidade régia.
14. D. Miguel de Bragança, sétimo filho do predecessor, rei de Portugal e posteriormente banido perpetuamente da sucessão dinástica. Foi exilado como ex-Infante de Portugal.
15. D. Maria II de Portugal (1834-1842), Rainha de Portugal e fundadora da Casa de Bragança-Saxe-Coburgo e Gota
16. D. João de Bragança, filho terceiro da Rainha D. Maria II, Infante de Portugal (1842-1861); por sua morte sem descendentes legítimos, o título reverteu de novo para a Coroa.
18. D. Manuel de Bragança, terceiro filho de D. Carlos I, Infante e depois Rei de Portugal como D. Manuel II (1889-1910); integrado na Coroa com a ascensão do titular à dignidade régia.
Reivindicações pós-Monarquia
Reivindicou, também, o título de Duque/Duquesa de Beja:
