Dom Francisco Javier Hernandez Arnedo foi ordenado padre no dia 18 de julho de 1965, em Marcilla, pelo bispo agostiniano-recoleto Dom Frei Arturo Quintanilla.[2]
Posteriormente, foi professor de Teologia Moral e Teologia Dogmática, no período de 1968 a 1973, em Marcilla, Espanha. Professor de Filosofia no período de 1974 a 1985, em Franca. Foi pároco na Igreja Nossa Senhora Aparecida de Franca no período de 1979 a 1985 e pároco na Igreja de Santa Rita, em Manaus, entre 1986 a 1991. De 1987 a 1989, foi Coordenador da Pastoral arquidiocesana e Vigário Episcopal da Região Leste de Manaus. No seminário arquidiocesano, lecionou disciplinas de Filosofia e Espanhol.[3]
