Seu pai, Juan Alberto Morinigo, participou na Batalha de Acosta Ñu, durante a Guerra da Tríplice Aliança em 1869, e sua mãe, Pabla Martinez, nasceu em Villeta, um porto fluvial ao sul de Assunção.
Morínigo graduou-se na Escola Militar, como Segundo Tenente em 1922, chegando ao cargo de General e participou da Guerra do Chaco contra a Bolívia, de 1932-1935; em 1940, tomou o governo depois do falecimento do então presidente José Félix Estigarribia, ao ser designado presidente provisório pelo conselho de ministros. Em 1943, foi eleito Presidente constitucional para um período de 5 anos.
