Iniciou sua vida política em 1974, quando se filiou à ARENA em plena ditadura militar, permanecendo até se filiar ao PDS (partido político que a sucedeu no apoio ao regime) em 1980. Em 1985, durante o processo de redemocratização, filiou-se ao PFL, onde permaneceu durante a maior parte de sua carreira. Sempre teve o apoio do ex-deputado José Marcos de Lima, com quem mantém uma amizade. Em 2005 filiou-se ao PL.
Durante o governo do presidente Itamar Franco assumiu a presidência da República, como substituto constitucional, por nove vezes entre os anos 1993 a 1994, porque era presidente da Câmara Federal e substituto imediato do presidente, uma vez que o cargo de vice-presidente da república estava vago desde o afastamento de Fernando Collor de Mello e a posse de Itamar Franco na presidência.
Depois da presidência da Câmara dos Deputados, teve os seguintes cargos que compõem a mesa diretora: 1º Vice-Presidente (1989-1990 e 2003-2005); 2º Vice-Presidente (2007-2009); 1º Secretário (1991-1992 e 2005-2007) e 2º Secretário, (2009-). Por sempre fazer parte da mesa diretora, ganhou o apelido de "deputado guardanapo".[2]
O Tribunal Regional do Trabalho da 16ª região, no Maranhão, confirmou a condenação do deputado federal por manter trabalhadores em condição semelhante à de escravo na fazenda Caraíbas, no município de Gonçalves Dias (MA). Ele deverá pagar uma multa que pode chegar a R$ 300 mil.
Na fazenda Caraíbas, em março de 2002, foram libertadas 53 pessoas que eram mantidas como escravos. Posteriormente, o deputado vendeu a propriedade.
Inocêncio havia sido condenado em primeira instância pelo juiz Manoel Lopes Veloso Sobrinho, da Vara do Trabalho de Barra do Corda, interior do Maranhão, após ação do Ministério Público do Trabalho. Na sentença, Manoel Veloso condenou o deputado a abster-se de condutas que viessem a cercear a liberdade dos trabalhadores, bem como a regularizar os contratos e as condições de trabalho dos seus empregados.
Em seguida foi realizado o julgamento do recurso impetrado pelo deputado com pedido indenização por dano moral. Esta ação (nº 611/2002) foi julgada procedente em parte pelo juiz Manoel Veloso, que condenou Inocêncio Oliveira a pagar indenização por dano moral no valor de R$ 530 mil a ser revertido ao Fundo de Amparo ao Trabalhador (FAT).[3]