Na sua juventude muda-se com os pais para Lisboa, onde estuda desenho[6] e participa dos coros do Conservatório Nacional de Lisboa.[6] Na década de 1940 escreve seus primeiros poemas, publicando-os no semanário Gazeta do Sul, do Montijo,[7] e outros boletins da capital portuguesa.[6]
Em 1948, Eugénia assiste uma reunião de um círculo de escritores e intelectuais africanos em Lisboa. Ali conhece Agostinho Neto, com quem se casaria 10 anos depois.[2] A proximidade entre os dois, inicialmente vinculada à poesia, tomaria forma de relacionamento a partir de 1952.[2]
Na década de 1950 matricula-se num curso línguas estrangeiras[6] da Universidade de Lisboa, passando a trabalhar como jornalista, ganhando também recursos como tradutora de textos de língua inglesa.[6]
Em 27 de outubro de 1958, em Lisboa, casa-se com Agostinho Neto, no dia em que este concluiu a sua licenciatura em medicina. O casal Lúcio Lara e Ruth Lara,[8] já amigos de Eugénia e Agostinho há um bom tempo, eram os padrinhos.[9] Os outros padrinhos eram Ivo Lóio e Ernesta Lóio.[10]
Poucos dias após cerimônia matrimonial, nasce em Lisboa, em 9 de novembro de 1958, o primeiro filho do casal, Mário Jorge Neto.[2]
Com a prisão de seu marido naquele mesmo ano, vive um período de périplo até 1961 entre o Algarve,[11]Cabo Verde[9] e Lisboa.[11] No ínterim, em 1961, nasce sua segunda filha Irene Alexandra Neto, em Lisboa.[9]
Agostinho Neto foi posto em liberdade assistida em 1961, mas é preso novamente em 1962 numa tentativa de fuga. Eugénia permenece em Lisboa para lhe assistenciar até sua liberdade em março de 1962.[12] Abriga-se em Sintra na casa de sua mãe, Maria Amélia da Silva.[13]
A família foge de Portugal em julho de 1962, instalando-se em Quinxassa, onde o MPLA tinha a sua sede no exílio,[14] com Agostinho Neto reassumindo as funções de presidente do MPLA.[9]
Em 1963 a família ruma, com a sede do MPLA, para Brazavile[9] em consequência da expulsão do partido do Zaire, que passou a dar o apoio total á Frente Nacional de Libertação de Angola (FNLA).[14] Em 1964, nesta capital, nasce Leda da Silva Neto, a terceira filha do casal.[9]
Em Brazavile assume funções do departamento de informações e comunicação do MPLA, traduzindo documentos e divulgando notícias em rádios, além de escrever poemas, artigos e textos políticos.[2] Toma também frente nas atividades do departamento de cultura até 1968.[2]
Por questões de segurança, transfere-se para Dar es Salã, na Tanzânia, onde continuaria até 4 de fevereiro de 1975, ficando neste período longe de Agostinho Neto. Trabalha como tradutora, jornalista e diplomata na representação política do MPLA neste país, em colaboração com a jornalista e diplomata britânico-angolana Margarita Holness[15] e com líder feminista Ruth Neto. Enquanto na Tanzânia, Eugénia passou a escrever no gênero encómio, produzindo também artigos sobre a luta anticolonial e de uma visão de um futuro de paz e liberdade.[2] Neste período também passa a ser jornalista da revista Lotus, da Organização dos Escritores Afro-Asiáticos, e da revista Femmes du Monde Entier, da Federação Democrática Internacional das Mulheres.[7]
Pós-independência angolana
No retorno à Angola, no início de 1975, Eugénia retoma sua carreira jornalística, dirigindo o Boletim da Organização da Mulher Angolana,[2] sendo redatora-chefe dos textos em língua estrangeira, nomeadamente francês e inglês.[6]
Tornou-se membro-fundadora da União dos Escritores Angolanos, em 1975, uma das raras mulheres no grupo.[2] Continuou a trabalhar para o partido e o Estado angolano após a morte de seu marido, com sua escrita passando a focar na literatura infantojuvenil.[2]
Mudou-se para Lisboa após a maturidade de seus filhos. Em Portugal empenhou-se em organizar a Fundação Dr. António Agostinho Neto (FAAN), instituição dedicada a preservar o pensamento e a memória de Agostinho Neto e do processo de descolonização angolano.[1]
Em 2016 Maria Eugénia torna-se uma das duas mulheres imortais fundadoras da Academia Angolana de Letras.[3] É, também, sócia honorária da Academia de Letras de Trás-os-Montes desde o dia 25 de fevereiro de 2017.[6]