Com seis anos iniciou-se no tênis. Como juvenil, ganhou o torneio do Banana Bowl em 1994 e ainda conquistou Roland Garros e o U.S. Open em duplas com Gustavo Kuerten, seu principal amigo no circuito desde juvenil.
Tenista equatoriano vitorioso, que atuou no circuito da ATP a partir de 1995, levantou cinco troféus de simples e três em duplas. Seu principal período foi durante o ano de 1999, quando faturou títulos que lhe renderam sua melhor posição na ATP, alcançando o posto de número 6° do mundo.
Nicolás Lapentti é apontado como o melhor tenista equatoriano depois de Andrés Gómez. Ele tem um irmão que atua no tênis profissional, Giovanni Lapentti, com quem já conquistou títulos em duplas, e foi seu parceiro de duplas no circuito e partidas pela Copa Davis.
Nicolás disputou a Copa Davis pela equipe equatoriana desde 1993, quando tinha dezessete anos de idade, além de ser o jogador que mais atuou por seu país, e foi decisivo no histórico confronto contra a Grã Bretanha, em 2000. No qual o Equador venceu dentro de Wimbledon.