O Pacajus Esporte Clube foi fundado em 17 de junho de 2017 e teve sua inscrição na Série C do Campeonato Cearense oficializada em 21 de julho.[6] Sob a presidência de Expedito Neto,[7] o clube adotou o índio paiacu como mascote[8] e as cores verde, amarela e grená, em representação à bandeira da cidade.[6] Em 1.º de agosto, ocorreu no Estádio Municipal João Ronaldo Matias, em Pacajus, inaugurado no mesmo ano,[2] a apresentação à comissão técnica, à diretoria e à imprensa local dos 24 jogadores que defenderiam o time, em que estavam mesclados atletas da cidade e conhecidos do futebol do Nordeste brasileiro, treinados por André Pascoal.[6] O primeiro jogo do Pacajus, um amistoso com o Fortaleza, foi disputado em 5 de agosto no Estádio Alcides Santos, na capital cearense, e terminou com o placar de 3–1 para a equipe mandante. A estreia na terceira divisão do campeonato estadual aconteceu em 6 de outubro, quando o time recebeu o Itapajé em Horizonte, no Domingão — onde mandava na época enquanto o João Ronaldo estava sendo reformado —, e aplicou-lhe goleada de 6–1.[6]
Entrada do Estádio Municipal João Ronaldo, onde o Pacajus manda seus jogos
O Pacajus classificou-se para a Série B do Cearense de 2018,[9] chegando à segunda fase mas não conseguindo o acesso à primeira divisão.[8] No mesmo ano, participou da Taça Fares Lopes, sendo eliminado pelo Iguatu e terminando em quinto lugar após duas vitórias e dois empates na competição.[8][10] Em 2019, ano em que Cristiano Cortez assumiu sua presidência,[11] foi vice-campeão da segunda divisão do estadual em partida contra o Caucaia, que venceu por 3–0, subindo à Série A de 2020.[8][12][13] Na Fares Lopes de 2020 saiu da competição na quinta colocação, tendo perdido todos os jogos antes do último, que venceu, contra o Campo Grande.[14]
Em 2021 o Pacajus recebeu seu primeiro título oficial, a Taça Padre Cícero, por ter realizado a melhor campanha de um time do interior do Ceará na primeira divisão do estadual, tendo terminado em quinto lugar. O título assegurou uma vaga na Série D do Brasileirão de 2022,[15] no qual, na segunda fase, empatando em partidas dentro e fora de casa, por 1–1 e 0–0, respectivamente, foi eliminado pelo Rio Branco nas penalidades, por 5–4, saindo com cinco vitórias, sete empates e quatro derrotas.[16] No mesmo ano, ao terminar a primeira fase do Cearense em terceiro, disputou as quartas de final com o Fortaleza, que o eliminou em jogos de ida, por 1–0, e volta, por 0–5,[17] e foi campeão da Fares Lopes ao vencer o Guarany de Sobral por 1–0, em casa, conseguindo uma vaga na Copa do Brasil de 2023.[18] O atacante Jeam foi o artilheiro da competição, tendo marcado quatro gols para a equipe treinada por Cleiton Cearense.[19][18] Posteriormente, no entanto, a Confederação Brasileira de Futebol enviou um ofício à Federação Cearense de Futebol informando que o torneio não havia sido realizado sob os critérios estabelecidos pela entidade, uma vez que três clubes da Série A do Campeonato Cearense participaram dos jogos, quando no mínimo quatro deveriam estar presentes. A vaga do Pacajus foi transferida para o Iguatu, melhor colocado da competição estadual além dos que estavam previamente classificados.[20]
Em 2023, com baixo desempenho na primeira fase do estadual, o Pacajus ficou em terceiro lugar no quadrangular do rebaixamento, caindo para a Série B com o Guarani de Juazeiro, no qual aplicou uma goleada de 7–0 na última rodada.[21] Na primeira fase da Série D do Brasileirão, o clube terminou na quarta colocação de seu grupo com 22 pontos,[22] e na segunda, enfrentou o Retrô, que o eliminou ganhando com o placar de 2–1 tanto na partida de ida como na de volta.[23] Na Fares Lopes garantiu quatro pontos na fase de grupos, onde goleou o Guarani de Juazeiro por 12–0,[24] encerrando-a em segundo,[25] e nas semifinais, obteve vantagem sobre o Ferroviário no jogo de ida, em casa, por 2–0, mas sofreu uma virada por 5–1 na volta, em Fortaleza.[26]
Na Série B estadual de 2024 o Pacajus empatou cinco partidas e perdeu três, ficando em nono e último lugar na tabela e sendo rebaixado para a terceira divisão.[27]
