Criado em 1981, sua finalidade é preservar o arquipélago fluvial de Anavilhanas bem como suas diversas formações florestais, estimular a produção de conhecimento através da pesquisa científica e promover a valorização da importância do Parque Nacional para conservação através da educação ambiental e turismo sustentável, buscando harmonizar as relações entre as comunidades do entorno e a Unidade com ações de bases sustentáveis.[3]
A área da unidade é de domínio público. A visitação na unidade é permitida. Em algumas áreas a visitação requer autorização para ingresso e permanência; a pesquisa científica depende de autorização do órgão responsável (que nesse caso é o ICMBio). Atividades de caça, pesca (tolerada a pesca de subsistência pelas comunidades de entorno), extração de madeira, mineração são proibidas.Não são permitidas alterações em seus ecossistemas (salvo algumas exceções). Apesar de suas 400 ilhas, Anavilhanas não é o maior arquipélago fluvial do mundo. O maior arquipélago fluvial do mundo é o de Mariuá, em Barcelos (AM), com aproximadamente 700 ilhas.
↑ ab«DECRETO Nº 86.061, DE 2 DE JUNHO DE 1981». Presidência da República - Casa Civil - Subchefia para Assuntos Jurídicos. 2 de junho de 1981. Consultado em 4 de dezembro de 2012
↑«LEI Nº 11.799, DE 29 DE OUTUBRO DE 2008». Presidência da República - Casa Civil - Subchefia para Assuntos Jurídicos. 29 de outubro de 2008. Consultado em 4 de dezembro de 2012
