Entre 1984 e 1985 participou ativamente do processo de redemocratização e das Diretas Já, sendo o primeiro parlamentar não vinculado ao PMDB a apoiar a candidatura presidencial de Tancredo Neves. Logo depois, já filiado ao PFL, foi indicado por Tancredo Neves para compor o governo como Ministro da Desburocratização.[3]
Em 1986 candidatou-se ao Senado pelo PFL, mas acabou na terceira posição.[4] No ano seguinte, assumiu a presidência do então Cebrae, que para evitar sua extinção na reforma administriva do Governo Collor, passou a se chamar Sebrae, tornando-se o primeiro presidente do órgão. Lá criou o programa Pequenas Empresas Grandes Negócios. Em 1990 foi candidato ao governo do estado do Ceará, mas acabou derrotado por Ciro Gomes. Em 1992 foi Secretário de Indústria e Comércio do Governador do Maranhão Edison Lobão e secretário-executivo do Ministério da Integração Regional. A seguir foi secretário-executivo e presidente da Fundação Pedroso Horta (1995-1998), atual Fundação Ulysses Guimarães.
Em 2009, Paulo de Tarso Lustosa da Costa foi destituído, pela Controladoria-Geral da União-CGU,[7] do cargo em comissão exercido como Presidente da Funasa em razão de seu envolvimento com irregularidades e desvio de recursos praticados na sua gestão e com a sua participação. O principal operador do esquema de desvio de recursos por ele implantado na Funasa, também destituído do cargo em comissão, foi Paulo Roberto de Albuquerque Garcia Coelho, genro do ex-deputado catarinense Walmor de Luca. A Revista Época tratou com detalhes das irregularidades praticadas por Paulo Lustosa e seus correligionários.[8]