Clarke s-a născut în Reading, în comitattul Berkshire din sud-estul Angliei. Și-a petrecut copilăria în colonie britanică Jamaica, unde părinții săi s-au mutat, până când familia sa s-a reîntors în Anglia. La 1 octombrie 1847 s-a înrolat în Armata Britanică și a fost repartizat în corpul Royal Engineers.
Bibliografie
en Charles Close, The Life and Work of Colonel Clarke in The Royal Engineers Journal Vol. XXXIX, No. 4 (Decembrie 1925), pp. 658–665.