Malhoa a fost, alături de Columbano Bordalo Pinheiro, numele principal în pictura naturalistă portugheză, în a doua jumătate a secolului al XIX-lea. El a pictat deseori scene și subiecte populare, precum cele două cele mai cunoscute tablouri ale sale, Bețivii (1907) și Fado (1910). El a rămas întotdeauna fidel stilului naturalist, dar în unele dintre lucrările sale, există influențe impresioniste, ca în Toamna (1918), care poate fi considerat ca un „exercițiu impresionist”.
Casa lui Malhoa, cunoscută și sub numele de Casa-muzeu Dr. Anastácio-Gonçalves, din Lisabona, a fost construită inițial în 1905 ca reședință și studio pentru artist. A fost cumpărată de dr. Anastácio-Gonçalves, colecționar de artă, cu un an înainte de moartea pictorului și a devenit muzeu în 1980, prezentând mai multe obiecte din colecția sa, și anume lucrări ale pictorilor portughezi din secolele al XIX-lea și al XX-lea.[7]