В 1948 году защитил докторскую диссертацию на тему «Крестьянская реформа в Азербайджане» (издана в Баку, 1956).
В 1948—1951 годах — старший научный сотрудник Института истории АН Армянской ССР.
В 1951—1954 годах — заведующий отделом науки и культуры ЦК Компартии Армении.
В 1954—1961 годах — заведующий отделом новой истории Института истории АН Армянской ССР. В 1961—1968 годах руководил Армянским филиалом Института марксизма-ленинизма при ЦК КПСС.
В 1963—1971 годах — член ЦК КП Армении, в 1971—1980 годах — член Контрольной комиссии ЦК КП Армении.
В 1972—1979 годах — заведующий отделом новой истории Института истории АН Армянской ССР.
Член-корреспондент (1950), действительный член АН Армянской ССР (1963). С апреля 1968 года — академик-секретарь Отделения общественных наук АН Армянской ССР.
Жил в Ереване, в д. 25 по улице Кирова (ныне — Корюна).
Сын Генри (1937—2020) — доктор биологических наук[3].
Научная деятельность
Главные темы исследований: история общественной мысли, аграрных отношений в XIX веке, история революционного движения и социалистического строительства.
Агаян Ц. П.Россия в судьбах армян и Армении / Междунар. гуманит. фонд арменоведения; Арм. ин-т политологии и междунар. права. — М.: Армбук, 1994. — 316, [1] с.
Агаян Ц. П.Армяне в Турции / Пер. с арм. Жанны Шахназарян; Ред. и авт. вступ. ст. М. А. Гасратян; Конс. Ю. Г. Барсегов; Международный гуманитарный фонд арменоведения им. Ц. П. Агаяна. Армянский институт политологии и международного права. — М.: Армбук, 1994. — 64 с. — 10 000 экз.