Основана в 1942 году под названием «Московское авиационное предприятие», занималась транспортировкой деталей для авиапроизводителей. С 1969 года узловым аэропортом компании является Домодедово. В середине 80-х годов компания сменила название на Ассоциацию «Транспортная авиация». Авиапарк насчитывал 29 транспортных самолётов, доставлявших грузы по всей территории СССР.
В июне 1990 года правительство СССР распорядилось выделить «Транспортную авиацию» из структуры «Аэрофлота». Таким образом она стала первой в СССР самостоятельной авиакомпанией с собственным брэндом «Авиатранс».
В 1993 году перешла в частные руки и реорганизована в общество с ограниченной ответственностью. 73 % прав принадлежат сотрудникам компании, 25 % — государству Россия и 2 % — публичным холдингам[1]. 1 января 1997 года снова сменила своё название на «Атран — грузовые линии Авиатранс». В 1998 году компания получила награду «Крылья России-97», став вторым лучшим в стране грузовым авиаперевозчиком[2].
29 июля 2007 года самолёт Ан-12Б (номер RA-93912), принадлежавший компании, попал в авиакатастрофу вследствие отказа двух двигателей на взлёте из-за попадания птиц. Экипаж не смог развернуть и посадить самолёт, погибли семь человек[3].
Осенью 2023 года возобновлена эксплуатация Ан-12 [5] Рейсы выполняются на двух ВС с бортовыми номерами RA-11371 и RA-11025.
Санкции
24 июня 2021 года Атран включён в санкционный список Украины так как компания «осуществляет деятельность в отраслях, имеющих стратегическое значение для Правительства России»[6].
11 апреля 2023 года авиакомпания Атран включена в санкционный список Канады «организаций причастных к войне Путина»[8][9].
Флот
По состоянию на февраль 2024 года размер флота ООО "АТРАН" составляет 2 самолёта Ан-12 и 1 самолёт Boeing 737-800BCF (находится на хранении с весны 2022 года), согласно данным из Сертификата Эксплуатанта, размещённом на официальном сайте Росавиации. При этом в аэропорту Внуково и Шереметьево находятся на хранении остальные ВС в раскраске авиакомпании, а также один Boeing 737-400SF с бортовым номером VQ-BVF находится на хранении в аэропорту Кёльн[10]: