Завершил карьеру игрока и начал карьеру тренера в клубе «Ян». В сезоне 2011/12 клуб под его руководством занял 3-е место в 3-й лиге и получил право бороться за выход в следующий дивизион в стыковых матчах[3]. Первый матч против «Карлсруэ» прошёл на поле «Яна» и завершился вничью со счётом 1:1[4]. Ответная игра, состоявшаяся 14 мая, завершилась со счётом 2:2[5]. Таким образом, «Ян» вышел во 2-ю Бундеслигу благодаря большему числу голов, забитых на чужом поле.
«Аугсбург»
Летом 2012 года стал главным тренером «Аугсбурга», выступающего в Бундеслиге. В сезоне 2012/13 команда боролась за выживание. В итоге сохранить прописку в Бундеслиге удалось. «Фюггеры» заняли 15-е место, набрав 33 очка (отрыв от зоны стыковых матчей составлял всего 2 очка)[6]. В сезоне 2013/14 команда набрала 52 очка и заняла 8-е место. От попадания в зону еврокубков «Аугсбург» отделило всего 1 очко[7]. В сезоне 2014/15 «Аугсбург» занял 5-е место с 49 очками и вышел в Лигу Европы[8]. В Лиге Европы 2015/16 немецкий клуб попал в группу L, где также играли испанский «Атлетик», сербский «Партизан» и нидерландский АЗ. С 9-ю очками «Аугсбург» занял 2-е место в группе и вышел в плей-офф[9]. В 1/16 финала по сумме двух встреч уступили английскому «Ливерпулю» (0:0 дома, 0:1 в гостях)[10]. В сезоне 2015/16 клуб занял 12-е место, набрав 38 очков[11].
«Шальке 04»
В начале июня 2016 года стал главным тренером «Шальке 04». Контракт был рассчитан до 30 июня 2019 года[12]. В сезоне 2016/17 команда заняла 10-е место в чемпионате, набрав 43 очка[13]. В Лиге Европы попали в одну группу (группа I) с российским «Краснодаром», австрийским «Зальцбургом» и французской «Ниццой». Вышли в плей-офф. В 1/16 финала прошли греческий ПАОК. В 1/8 финала прошли мёнхенгладбахскую «Боруссию». В четвертьфинале уступили нидерландскому «Аяксу»[14]. 9 июня 2017 года покинул свой пост[15].
«Штутгарт»
9 октября 2018 года стал главным тренером «Штутгарта»[16][17]. После 7 туров клуб занимал последнее, 18-е, место в чемпионате[18]. 20 апреля 2019 года был уволен. После 30-ти туров клуб занимал 16-е место в чемпионате[19][20].
Возвращение в «Аугсбург»
В апреле 2021 года второй раз в карьере возглавил «Аугсбург»[21]. Команда заняла 14-е место в Бундеслиге[22]. По окончании сезона покинул клуб[23].
«Нюрнберг»
В октябре 2022 года возглавил «Нюрнберг», выступающий во 2-й Бундеслиге[24]. Команда провела 11 игр в чемпионате (3 победы, 3 ничьи, 5 поражений)[25]. В феврале 2023 года был уволен.