Известно, что Иаков Костромской был пострижеником соловецким и учеником Святого Филиппа. При нём, в 1584—1594 годах, построена вокруг монастыря прочная каменная стена, существующая и поныне, по начертанию соловецкого же монаха Трифона под наблюдением присланного из города Москвы воеводы Ивана Яхонтова, но на собственные средства монастыря[3][4].
Царь всея Руси и великий князь Московский Фёдор Иванович пожаловал при игумене Иакове монастырю большие земли; при нём же был поставлен монастырём Сумский острог[3].
В 1591 году перенесены мощи Святого Филиппа из Тверского Отроча Успенского монастыря в Соловецкую обитель. Все время игуменства Иакова владения Соловецкого монастыря и основанные из него обители подвергались неоднократным нападениям шведов[3].
Весной 1597 года, с благословения патриарха Иова, отец Иаков стал первым настоятелем в сане архимандрита в Свято-Троицком Ипатьевском монастыре. После восшествия на русский престол Василия IV Шуйского Иаков попал в немилость из-за близости к Годуновым и в 1607 году был вынужден вернуться на Соловки[5].
