Родился в 1803 году на острове Патмос. Начальное и среднее образование получил в Патмиаде (Памосской академии)[1].
В 17 лет, продолжая учёбу, принял монашество в Монастыре апостола Иоанна Богослова. Через 3 года был рукоположён во диакона и вскоре во иерея с назначением приходским священником монастыря; впоследствии переведён в церковь святителя Василия Великого[1].
Оказал помощь монахам, которые вернулись на полуостров Халкидики на подворья афонских монастырей, пострадавшие во время национально-освободительной революции 1821—1829 годов от турок[1]. В 1836 году построил митрополичью церковь Святого Николая в Полийиросе на месте, где турки сожгли останки Святого Хараламбоса в 1821 году[2].
24 мая 1861 года Патриарх Каллиник вторично отрёкся от престола, и на следующий день в Константинполеполе состоялась официальная интронизация Патриарха Иакова II, о чём во избежание волнений Патриарх Иоаким II личным письмом уведомил общины Александрии и Каира, а Ииаков II отправил извещающие послания православным автокефальным Церквам[1].
При Патриархе Иакове II продолжился конфликт между Патриархией и проявлявшими все большую активность и влияние православными общинами Каира и Александрии, стремившимися избавиться от контроля Александрийского Патриарха, традиционно выступавшего в качестве этнарха для православных в Египте. В 1862 году Патриарх Иаков (1861—1865) предпринял попытку лишить Александрийскую общину независимости, поставив её под контроль Патриархии[4].
В 1862 году отменил решение своего предшественника, чем окончательно разрешил «синайский вопрос»: были отменены все ограничения, наложенные ранее на Синайское подворье, и там стали беспрепятственно совершаться богослужения с поминанием имени Александрийского Патриарха[5].
11 октября 1862 года прибыл в Константинополь с целью воспрепятствовать конфискации всего движимого и недвижимого имущества греческих монастырей, проводившейся румынским господарем Александром Кузой и затрагивавшей церковную собственность Александрийского Патриархата в Румынии, но его действия не имели успеха — в 1863 года вышел закон о конфискации церковного имущества, 6-я статья которого предусматривала изъятие у греческих игуменов всех украшений, книг, священных сосудов и документов на право владения монастырями, многие из которых были закрыты или перешли в юрисдикцию Румынской Церкви, провозгласившей в 1865 году автокефалию[5]. Находясь в Константинополе, участвовал в совещании по поводу разгоревшегося там греко-болгарского церковного конфликта[1].
Летом 1865 года он отправился в Константинополь, а оттуда 4 декабря того же года прибыл на недолгий отдых на Патмос, где внезапно скончался 30 декабря того же года[6] от апоплексического удара (инсульта)[1].
Герд Л. А. Россия и Александрийский патриархат в 1840-х — 1870-х гг. (по материалам петербургских архивов) // Петербургский исторический журнал. 2018. — № 1 (17). — С. 139—162.
Петрунина О. Е., Герд Л. А., Вах К. А. Александрийский патриархат и Россия в XIX веке: Исследования и документы. — М.: Индрик, 2020. — 920 с. — ISBN 978-5-91674-556-6