Сын Епифания, сановника (губернатора) на острове Кипр. Родился в Амафунте (Лимасол). Потеряв жену и детей, начал вести аскетическую жизнь, заботился о бедных. Не будучи ни монахом, ни клириком был избран, по желанию народа на патриарший престол. Решение было утверждено императором Ираклием. Став патриархом в 610 году, он сосчитал всех нищих в Александрии и роздал им всё своё имущество. Иоанн послал милостыню ко Гробу Господню, давал у себя приют и помощь бедствующим, выкупал пленных. Его благотворительная деятельность нашла своё отражение в житийной литературе (например, у Дмитрия Ростовского — Житие Иоанна Милостивого, патриарха Александрийского). Боролся с ересью монофизитов.
Когда персы, вторгшись в Египет, угрожали Александрии, и её жители стали разбегаться, Иоанн отправился в Константинополь ходатайствовать о немедленной присылке войск для защиты города, но на пути, остановившись в своей родине, городе Амафунте, скончался около 619 года.
Канонизация
Церковь причислила его к лику святых как святителя. Первое житие святителя Иоанна было написано уже в VII веке его современником Леонтием Неаполитанским. У Метафраста рассказывается о чудесах, совершавшихся при его мощах, после его смерти.
Евлогий Скитский — ученик Иоанна Милостивого, православный аскет VII века, известен по своему видению, ставшим одним из сюжетов монашеской иконографии.
Виталий Александрийский — преподобный старец, проповедовавший александрийским блудницам. История о нём включена в житие святителя Иоанна.