Острова Эгейского моря, населённые в основном православными греками, традиционно являлись владением Византии. После её значительного ослабления в конце XI века, итальянские республики и города-государства (Венеция, Генуя, Пиза) уделяют всё большее внимание контролю за торговлей в империи, в том числе и за стратегически важными островами. В 1204 году, когда крестоносцы захватывают Константинополь, у венецианцев появляется реальная возможность заполучить острова.
Венецианское управление
Воспользовавшись этим, Венецианская республика в 1207 году включает острова в состав вассального герцогства под контролем своей талассократической республики. Сама Венеция напрямую контролирует и другие крупные греческие острова (Эвбея, Кипр, Крит с более мелкими островами).
По сравнению с собственно венецианскими территориями, власть Венеции над Наксосским герцогством была несколько менее ощутима из-за разбросанности архипелага, а её политика по внедрению католичества соответственно менее планомерной. Хотя венецианская феодальная система была практически идентична византийской, попытки внедрить католичество вызывают протест среди местного греческого крестьянства, сохраняющего православие. На острове Наксос вспыхивает восстание, повстанцы укрываются в крепости Апалирос (Апалире), где они сдаются после 6-недельной осады венецианцами. При этом финансовую помощь повстанцам оказывает Генуя, стремившаяся ослабить своего главного конкурента в регионе — Венецию.
По мере раздачи или продажи земли венецианским подданным формальное герцогство дробится на несколько более мелких фамильных владений. На островах также формируется своеобразная система социально-этнических отношений, при которых небольшая группа итальянцев католического вероисповедания проживает в главном посёлке острова, а зависимые греческие крестьяне проживают в сельской местности. Из-за резкого сокращения греческого населения в годы войн и эпидемий венецианцы, а затем и турки привлекают сюда группы албанских поселенцев (арнауты), осевших на острове Андрос.
В ходе венецианско-турецких столкновений, местные греки как правило сотрудничали с турками, которые предоставляли большую автономию православной церкви на землях, отнятых у Византийской империи.
Sansaridou-Hendrickx, Thekla; Hendrickx, Benjamin. The Post-Ducal ‘Dukes of Naxos’ of the ‘per Dignità First Duchy of Christendom’: A Re-Examination and Assessment (англ.) // Journal of Early Christian History : journal. — 2013. — Vol. 3, no. 2. — P. 94—107. — doi:10.1080/2222582X.2013.11877287.