Участник множества научных конференций. Опубликовала статьи в ряде сборников и журналов, при её участии вышло немало учебных[2] и научных изданий и публикаций исторических источников. Член Российской ассоциации историков Первой мировой войны[3], участвует в работе российско-чешской комиссии историков и архивистов[4].
Актуальные проблемы славянской истории XIX и XX веков: К 60-летию проф. Моск. ун-та Геннадия Филипповича Матвеева: [Сб. ст.] / Отв. ред. З. С. Ненашева. — М.: Изд-во Мосгорархива, 2003. — 520 с. — 100 экз. — ISBN 5-7228-0118-6.
Вопросы историографии и истории зарубежных славянских народов: К 150-летию славяноведения в Моск. ун-те: [Сб. ст.] / Отв. ред. З. С. Ненашева. — М.: Изд-во МГУ, 1987. — 165 с. — (Славяноведение в МГУ). — 300 экз.
Общественно-политическая мысль в Чешских землях в конце XIX — начале XX века. — М.: Изд-во МГУ, 1994. — 151 с. — (История). — 500 экз. — ISBN 5-211-03161-X.
Развитие общественной мысли в странах Центральной и Юго-Восточной Европы: [Сб. ст.] / Отв. ред. З. С. Ненашева. — М.: Изд-во МГУ, 1991. — 183 с. — (Славяноведение в МГУ). — 500 экз. — ISBN 5-211-02454-0.
Ненашева З. С. и др. Историография истории южных и западных славян: Учеб. пособие для вузов по спец. «История». — М.: Изд-во МГУ, 1987. — 260 с. — 6030 экз.
Идейно-политическая борьба в Чехии и Словакии в начале XX в.: Чехи, словаки и неославизм, 1898–1914 / Отв. ред. В. А. Дьяков. — М.: Наука, 1984. — 240 с. — 1000 экз.
Славянские матицы, XIX в.: В 2 ч. / Отв. ред.: И. И. Лещиловская. — М.: ИСБ, 1996. — Т. 2. — 196 с. — (5-7576-0026-8). — 300 экз.
↑Ненашева З. С. Начало эмиграции чехов в Россию в середине XIX века // Русский сборник: исследования по истории России. — М., 2006. — Т. 3. — С. 7–37.. Эта же статья опубликована в (чешск.) // Slovanské historické studie. — Praha, 2003. — Sv. 29. — S. 7–38.
↑Бондаренко Н. А., Бурена В. В., Ненашева З. С. Русский православный храм Святых первоверховных апостолов Петра и Павла в Карловых Варах: к 110-летию освящения русского храма в Карловых Варах. — М., 1997.; Ненашева З. С. Чешская политическая элита в доверительной переписке протоиерея отца Александра Лебедева с Санкт-Петербургом и её политические последствия для чешско-русских связей // Междунар. конф. науч. проекта «Друг или враг? Сравнительный анализ мультиэтнических государственных образований. Австро-Венгерская монархия и Российская империя на рубеже XIX–XX вв.»: 3-я: Мир человека и повседневность. Российская империя и Австро-Венгрия на рубеже XIX–XX вв. – 16–17 сентября 2010 г.
↑Ненашева З. С., Серапионова Е. П. Предисловие // Чехословацкий корпус в России: Каталог выставки. — М., 2008. — С. 9–35. Ненашева З. С.Общественно-политическая позиция чехословацкого легионерского движения в 1917–1918 гг. // Народы Габсбургской монархии в 1914–1920 гг.: от национальных движений к созданию национальных государств: Междунар. конф. — М., 2009. (недоступная ссылка)
↑Ненашева З. С. Идея славянской общности в трактовке Т. Г. Масарика // Т. Г. Масарик и Россия. — СПб., 1997. — С. 38–44. Ненашева З. С. Масарик и Крамарж как идеологи славянского единства в восприятии российского консула в Праге // Славянский альманах. — М., 1999. — С. 123–130.