С 1891 года был преподавателем философских наук в Саратовской духовной семинарии, членом Саратовского епархиального училищного совета.
С 1894 года — магистр богословия, преподаватель греческого языка в Санкт-Петербургской духовной семинарии.
Редактор отделов «Библиография. Россия» в «Византийском временнике» (опубликовал около 700 материалов), «Церковно-общественная жизнь на Православном Востоке» в журнале «Странник», «Вести с Востока» в «Церковных ведомостях» (1895—1904), «Летопись церковной и общественной жизни за границей» в «Церковном вестнике» (1904—1910).
С 1903 года доцент и с 1904 года профессор Санкт-Петербургской духовной академии по кафедре истории Греко-Восточной церкви со времён отпадения западной церкви от вселенской, доктор церковной истории (диссертация — «Константинопольская церковь в XIX веке. Опыт исторического исследования». Т. I. — СПб., 1904).
Дважды лауреат Макарьевской премии (1896, 1906), член Императорского православного палестинского общества, редактор журналов «Сообщения Императорского православного палестинского общества» (1905—1917) и «Церковный вестник» (1911—1913).
Член Предсоборного Присутствия (1906), Предсоборного Совещания (1912), Предсоборного Совета, где работал в I, II, VIII и IX отделах (1917).
Командирован Синодом на Ближний Восток. Его секретный доклад «Константинополь, Палестина и Русская церковь»[4] (был подготовлен в апреле 1915 года по поручению Святейшего Синода для МИДа и отпечатан типографским способом в количестве 100 экземпляров с грифом: «На правах рукописи. Совершенно доверительно»[5]), исходя из посылки, что Константинополь по окончании войны будет принадлежать России, предлагал сохранить первенствующую кафедру Вселенского Патриарха под российским суверенитетом. Кроме того, автор доклада решительно высказывался за «поставление для Русской Церкви предстоятеля, равночестного прочим Восточным Патриархам, то есть Патриарха»[6].
С февраля 1919 года приват-доцент по кафедре византологии Киевского университета. С 1922 года член совета Палестинского общества при РАН и комиссии «Константин Порфирородный», лектор в петроградском апологетическом кружке, преподаватель в университете. С 1924 года профессор по кафедре новогреческого языка Ленинградского института живых восточных языков (с 1927 г. Ленинградский восточный институт)[7].
С 1931 года профессор Ленинградского института истории, философии и лингвистики, научный сотрудник Института славяноведения Академии наук.
В декабре 1933 года был арестован по делу «евлогиевцев»; в 1934 году по ст. 58-10 и 58-11 как «церковный монархист» выслан на 5 лет в Башкирию.
О византийско-восточном монашестве IX—XII века: Речь перед защитою магист. дис.: «Состояние монашества в византийской церкви с половины IX до начала XIII века (842—1204). Опыт церк.-ист. исслед. Казань. 1894» / [Преп. Сарат. духов. семинарии Иван Соколов]. — Казань : Унив. тип., [1894]. — 14 с.
Житие иже во святых отца нашего Григория Синаита [описанное Каллистом, архиепископом Константинополя] / С греч. (по изд. списку 16 в.) пер., предисл. и прим. снабдил И. Соколов; Изд. Афон. Рус. Пантелеимонова монастыря. — Москва, 1904. — 128 с.;
Избрание патриархов в Византии с половины IX до половины XV века : (843—1453 г.) : Ист. очерк : [Речь, предназначавшаяся к произнесению на годич. акте С.-Петерб. духов. акад. 17 февр. 1907 г.]. — Санкт-Петербург : тип. М. Меркушева, 1907. — [2], 162 с.
Усыновление и его отношение к браку в Византии и на современном греческом востоке : Ист.-правовой очерк / Проф. И. И. Соколов. — Санкт-Петербург : Синод. тип., 1910. — 128 с.
Вопрос о реформе календаря пред судом православных церквей Востока : [Доклад] / Проф. И. И. Соколов. — Санкт-Петербург : тип. Акад. наук, 1910. — [2], 24 с.;
О соединении Восточной и Западной церквей : К соврем. характеристике униональной пробл. — Санкт-Петербург : В. М. Скворцов, 1911. — [4], 74, [1] с.;
Устроение в Бар-граде русского храма во имя святителя Николая Мирликийского и странноприимницы при нем для православных паломников / Проф. И. И. Соколов. — Санкт-Петербург : Барград. ком., 1911. — 77 с.
Никифор Влеммид, византийский ученый и церковный деятель XIII века : По поводу исслед. В. И. Барвинка. — Санкт-Петербург : тип. М. Меркушева, 1912. — 40 с.
Правовая организация Святогробского братства в Иерусалиме / Проф. И. И. Соколов. — Санкт-Петербург : тип. В. Ф. Киршбаума, 1912. — 72 с.
Православный греческий Восток; Избрание нового вселенского патриарха Германа V; Приезд Антиохийского патриарха Григория IV в Россию : Церк. жизнь на Востоке в 1912 г. / Проф. И. И. Соколов. — Санкт-Петербург : тип. М. Меркушева, 1913. — [4], 100 с.;
Православный греческий Восток / I, II, III. Вселенский патриарх Иоаким Третий: (С портр.). Церковный суд в Константинопольском патриархате. Приход в Константинополе. — Петроград : тип. М. Меркушева, 1916. — IV, 3-124 с., 1 л. портр.; 23.
Избрание патриархов в Византии. Вселенские судьи в Византии. Издательство Олега Абышко. Санкт-Петербург, 2003.
Свт. Григорий Палама, архиепископ Фессалоникийский, его труды и учение об исихии ; Никифор Влеммид, византийский ученый и церковный деятель XIII в.; Церковная политика византийского императора Исаака II Ангела : Науч.-популяр. изд. / И. И. Соколов; вступ. ст. А. В. Маркидонова. — Санкт-Петербург : Абышко, 2004. — 243, [1] с.
Избрание архиереев в Византии IX—XV вв. : (Ист.-правовой очерк); Избрание патриархов Александрийской Церкви в XVIII и XIX столетиях / И. И. Соколов; вступит. ст. протоиер. В. Цыпина. — СПб. : Изд-во Олега Абышко, 2004 (ППП Тип. Наука). — 351 с.; 22 см. — (Библиотека христианской мысли. Исследования).; ISBN 5-89740-102-0
↑Опубликован: Лисовой Н. Н.Русская Церковь и Патриархаты Востока. Три церковно-политические утопии XX века. // «Религии мира. История и современность». 2002. М., «Наука», 2002, стр. 143—219; приложение 1, стр. 156—196.
↑Лисовой Н. Н.Русская Церковь и Патриархаты Востока. Три церковно-политические утопии XX века. // «Религии мира. История и современность». 2002. М., «Наука», 2002, стр. 146.
↑Лисовой Н. Н.Русская Церковь и Патриархаты Востока. Три церковно-политические утопии XX века. // «Религии мира. История и современность». 2002. — М.: «Наука», 2002. — С. 194.
↑ 12Документы Священного Собора Православной Российской Церкви 1917–1918 годов. Т. 27. Члены и делопроизводители Собора: биобиблиографический словарь / ред. С. В. Чертков. — М.: Изд-во Новоспасского монастыря, 2020. — 664 с. с. — ISBN 978-5-87389-097-2.
Литература
Лебедева Г. Е. Из истории отечественного византиноведения: И. И. Соколов // Античная древность и Средние Века. Екатеринбург, 1998. — С. 139—153
Лебедева Г. Е. Из истории византиноведения и неоэллистики в России: И. И. Соколов // Московия. Проблемы византийской и новогреческой филологии. М., 2001. — С. 229—246;
Синодик гонимых, умученных, в узах невинно пострадавших православных священно-церковнослужителей и мирян Санкт-Петербургской епархии: ХХ столетие. 2-е издание дополненное. СПб., 2002. — 280 с. — С. 223—224.
Учёный и время: И. И. Соколов. Вступительная статья // Соколов И. И. Состояние монашества в Византийской Церкви с середины IX до начала XIII века (842—1204). СПб., 2003. — С. 7-32;
И. И. Соколов об извечной проблеме церковной византинистики // Соколов И. И. О византинизме в церковно-историческом отношении. Избрание патриархов в Византии с середины IX до начала XV века (843—1453 гг.). Вселенские судьи в Византии. СПб., 2003. С. 510;
Новые страницы творческой биографии И. И. Соколова // Санкт-Петербург и Греция. Прошлое и настоящее. СПб., 2008. — С. 192—201.