С 1861 года — бакалавр в Санкт-Петербургской духовной академии по кафедре греческого языка; 1863 года — на кафедре новой общей церковной истории. В 1875 году защитил диссертацию на соискание учёной степени доктора богословия по теме «Изложение веры армянския, начертанное Нарзесом, кафоликосом армянским, по требованию боголюбивого государя греков Мануила». С 1884 года до выхода в отставку преподавал на кафедре истории и разбора западных исповеданий.
С 1874 года читал лекции по церковной истории на историко-филологическом факультете Санкт-Петербургского университета в должности приват-доцента; в 1880—1901 гг. — профессор этого университета по кафедре истории церкви.
В 1876—1891 годах в журнале «Церковный вестник» вёл ежегодное историческое обозрение «Православный Восток и инославный Запад в минувшем году». Был членом Императорского Православного палестинского общества.
С 1874 года читал лекции по церковной истории в Санкт-Петербургском университете, сначала в звании доцента, потом экстраординарного и с 1884 года, ординарного профессора.
Большинство трудов Троицкого посвящено истории христианского Востока. Некоторые из помещённых в журналах статей представляют собой книги, например, «Арсений, патриарх никейский и константинопольский, и арсениты» в журнале «Христианское чтение» (1867, 1869, 1871 и 1872).
В течение ряда лет изучал греческие рукописи в московских книгохранилищах. По результатам исследований в 1885 году была напечатана «Автобиография императора Михаила Палеолога» в журнале «Христианское Чтеніе» в подлиннике с русским переводом и примечаниями. Кроме этого издал исторические материалы об олонецком архиепископе Аркадии (Лысом).
Арсений, патриарх Никейский и Константинопольский и арсениты: (К истории Восточной Церкви в XIII в.). — СПб.: Тип. Деп. уделов, 1873. — 534 с.
Вероучение западных исповеданий: Курс лекций, читанных студентам III и IV курсов С.-Петербургской Духовной Академии ординарным проф. Иваном Егоровичем Троицким… — Казань: Типо-лит. Яздовского, Ценз. 1886.
… 1885/86 учеб. г. — Ценз. 1886. — [2], 264 с. — Литогр.
… 1887/88 учеб. г. — Ценз. 1888. — 316 с. — Литогр.
… в 1889/90 г. — СПб.: Лит. Гробовой, Ценз. 1890. — 330 с.
… 1891—1892 г. — [1892]. — 240 с.
… в 1893/94 г. — [СПб.]: Лит. Богданова, Ценз. 1894. −231 с.
… в 1897/98 г. — [СПб.]: Лит. Фомина, Ценз. 1898. — 335 с.
Записка о положении православия и русского дела в Палестине профессора С.-Петербургской Духовной Академии И. Е. Троицкого // Православие в Святой земле. — Б.м., [189-]. — С. 143—173.
Записки по истории Западной Церкви по отделении её от Восточной. — [СПб.]: Лит. Траншеля, [1877]. — 196 с.
Изложение веры Церкви Армянские, начертанное Нерсесом, католикосом армянским, по требованию боголюбивого государя греков Мануила: Ист.-догмат, исслед. в связи с вопросом о воссоединении Армянской Церкви с Православной. — СПб.: Тип. Елеонского и Поповицкого, 1875. — IX, 339, IV с. Положения… — Ценз. 1875. — 3 с.
История западных вероисповеданий. — [СПб.]: Лит. Яздовского, [188-]. — 267 с.
История западных исповеданий: Лекции проф. И. Е. Троицкого. — [СПб.]: Лит. Богданова, Ценз. 1895. — 183 с.
История и разбор западных исповеданий: Конспект лекций проф. И. Е. Троицкого, 1896/97 г. — [СПб.]: Лит. Богданова. [1897].- 180с.
Конспект чтений по истории Западнорусской Церкви в С.-Петербургской Духовной Академии за 1894/95 учеб. год. — [СПб.]: Лит. Богданова, 1895. — 36 с.
Лекции по истории западных исповеданий: Читанные студентам С.-Петербургской Духовной Академии в 1884/85 акад. году ординарным проф. И. Е. Троицким. — Казань, [188-]. — 235 с. — Литогр.
Лекции по истории западных исповеданий. — [СПб.]: Духовной Академии, Ценз. 1893. — 194 с. — Литогр.
О сочинении архимандрита Амфилохия под названием: Кондакарий в греческом подлиннике XII—XIII вв. по рукописи Московской синодальной библиотеки № 437: С древнейш. слав. пер. кондаков и икосов, какие есть в переводе и с прил. выписок кондаков и икосов из служеб. греч. рукоп. миней с слав, древнейш. пер. и 2, из слав, служеб. миней рукоп. с греч. текстом и без оного и с разночтениями на обоих языках с снимками в числе 229 с. Москва, 1879 г. — [СПб.]: Тип. Имп. Акад. наук, [1881]. — 24 с. — Отт. из: Отчет о двадцать третьем присуждении наград графа Уварова… — СПб., 1881.
Отзыв о сочинении г. Теплова под заглавием: Греко-болгарский церковный вопрос по неизданным источникам. — [СПб.]: Тип. Имп. Акад. наук, [1886]. — 10с. — Отт. из: Отчет о двадцать восьмом присуждении наград графа Уварова… — СПб., 1886.
Очерк истории Восточной Церкви по разделении её с Западной до настоящего времени (IX—XIX вв.). — СПб.: Лит. Транше-ля, [1877].-93с.
Подробный конспект по новой общей церковной истории. — СПб.: Лит. Траншеля, 1877. — 50 с.
Церковная сторона болгарского вопроса. — СПб., 1888. — 30 с. — Отд. отт. из: Годичный акт Имп. С.-Петербургского университета за 1887 г.
↑Л. А. Герд. И. Е. Троицкий: по страницам архива учёного. // «Мир русской византинистики: материалы архивов Санкт-Петербурга» / под ред. И. П. Медведева. — СПб., 2004, стр. 17.
↑«Россия и Православный Восток: Константинопольский патриархат в конце XIX в. Письма Г. П. Беглери к профессору И. Е. Троицкому. 1878—1898 гг.» // Изд. подготовила Л. А. Герд. — СПб., 2003.
↑«Наша отечественная церковь занимает первое место между всеми православными церквами» (Отчёт профессора И. Е. Троицкого о командировке на Восток. 1886 г.) // «Исторический архив». — 2001. — № 4. — С. 135—174.
Троицкий, Иван Егорович // Биографический словарь профессоров и преподавателей Императорского С.-Петербургского университета за истекшую третью четверть века его существования. 1869—1894. — СПб.: Тип. и лит. Б. М. Вольфа, 1896. — Т. 2. — С. 281—283. (на илл.)
