Студенческие фильмы Флэнагана в большей степени были ориентированы на жанр мелодрамы. Позже он охарактеризовал их как «непригодные для публичного потребления», но уточнил, что они стали для него «невероятным опытом». Его первый фильм в качестве режиссёра, «Призраки Гамильтон-стрит» (2003), был снят в Мэриленде после окончания школы. В нём были задействованы некоторые местные актёры,[4] в том числе Скотт Грэм, которого Флэнаган встретил во время учёбы. Грэм продолжил свой путь к известности, снявшись в короткометражном фильме Флэнагана «Окулус: Глава 3 — человек с планом» (2006), который он создал за $1500.
Флэнаган первоначально представлял «Окулус» как серию короткометражных фильмов, но не мог найти источник финансирования. Позже он вычеркнул главу, которая включала предысторию, и снял короткий метр, чтобы продемонстрировать, что способен создать фильм ужасов. Короткометражный фильм пользовался популярностью на кинофестивалях, и продюсеры были заинтересованы в разработке концепции, однако они собирались отвергнуть предложение Флэнагана режиссировать полнометражную адаптацию. В ответ на этот отказ Флэнаган снял фильм «Отсутствие» (2011), который был профинансирован кампанией Kickstarter.
Сделанный за $70 000 и снятый в своей квартире в Глендейле (штат Калифорния) фильм «Отсутствие» был выпущен для домашнего просмотра, но приобрел популярность, когда компания Netflix предложила разместить его на своём потоковом сервисе.[5] После неожиданного успеха Флэнаган снова вернулся к Окулусу. Компания Intrepid Pictures проявила интерес к концепции и согласилась дать Флэнагану должность режиссёра фильма. Полнометражный фильм «Окулус» был снят в 2012 году и представлен компанией Relativity Media в 2014 году.[6]
После «Окулуса» Майк Флэнаган снял «Сомнию», выпущенную в 2013 году. Фильм был приобретён Relativity Media в 2014 году. Первоначально премьера была намечена на 8 мая 2015 года, но была перенесена на 25 сентября 2015 года, а затем вовсе исчезла из расписания в связи с банкротством компании. Через год в Арбитражном суде Relativity объявила, что фильм будет выпущен 8 апреля 2016 года, но этого так и не произошло, хотя компания изо всех сил пыталась встать на ноги.[7] После этого выход фильма был намечен на 9 сентября 2016 года. Но за три недели до этой даты Relativity в очередной раз убрала фильм из расписания, что вызвало публичный скандал между Флэнаганом и главным исполнительным директором Relativity Media Райаном Кавана в Twitter. Кавана заявил, что 9 сентября было «плохим днём», а Флэнаган — что у Relativity нет финансовой возможности выпустить фильм[8]. Relativity Media так никогда и не выпустила фильм, поскольку Кавана продал свою компанию сингапурской социальной сетевой платформе YuuZoo в октябре 2016 года[9]. Netflix в конечном счёте выкупила права и выпустила фильм в январе 2018 года[10].
Примерно в то же время было объявлено, что Флэнаган работает над «секретным проектом» под названием «Тишина». Написанный в 2014 году и снятый в марте 2015 года проект держался в тайне до показа на кинофестивале в Торонто[13]. Сценарий был написан Флэнаганом, в фильме снялись Кейт Сигел, а также Джон Галлахер-младший, Майкл Трукко и Саманта Слоян. Мировая премьера фильма состоялась на SXSW в марте 2016 года и была выпущена эксклюзивно на Netflix 8 апреля 2016.
Флэнаган женился на актрисе и писательнице Кейт Сигел в феврале 2016 года .[16] У них двое детей: сын Коди Пол Флэнаган (родился 26 ноября 2016 года)[17] и дочь Теодора Изабель Ирен Флэнаган (родилась 3 декабря 2018 года)[18]. Также у Флэнагана есть еще один сын Ригби Джозеф Флэнаган-Белл, который родился 15 октября 2010 года в отношениях с партнершей по фильму Отсутствие актрисой Кортни Белл.