Предки по отцовской линии из немцев-колонистов, перебравшихся в Лифляндию (Латвию) во второй половине XVIII века, а по материнской — латыши по фамилии Эргле.
Интересно, что в семье Отто Юльевича Шмидта говорили на трёх языках: русском, латышском и немецком. Сам он позднее заявлял, что относит себя к русской культуре[4].
В детстве работал в лавке письменных принадлежностей. Учился в классической Могилёвской мужской гимназии. Деньги на обучение одарённого мальчика в гимназии нашлись у его латышского дедушки Фрициса Эргле.
Окончил Киевскую 2-ю гимназию с золотой медалью (1909) и физико-математический факультет Киевского университета (1913). После окончания университета был оставлен для подготовки к профессорскому званию и под руководством профессора Д. А. Граве начал свои исследования в теории групп. С 1916 — приват-доцент Киевского университета.
С октября 1917 — начальник управления по продуктообмену Наркомата продовольствия, в 1918—1920 — член коллегии Наркомпрода. В 1918 вступил в РСДРП (интернационалистов), в 1918—1919 — член ЦК. В 1919 вместе со всей партией был принят в РКП(б)[5], при этом в его партийный стаж зачли время пребывания в партии интернационалистов.
В 1928 году О. Ю. Шмидт принимал участие в первой советско-германской памирской экспедиции, организованной АН СССР. Целью экспедиции было изучение и восхождение на наиболее высокие вершины Западного Памира.
С 28 февраля 1939 года по 24 марта 1942 года был вице-президентом АН СССР. После начала Великой Отечественной войны 19 июля 1941 года был направлен в Казань для подготовки эвакуации туда учреждений АН СССР. Находясь в эвакуации в Казани, Шмидт вступил в конфликт с президентом АН СССР В. Комаровым. Комаров пожаловался Сталину, после чего Шмидта освободили от должности вице-президента АН СССР и из многих должностей ему оставили только одну — директора Института теоретической геофизики[10].
Монография «Абстрактная теория групп» (1916, 2 изд. 1933) оказала значительное
влияние на развитие этой теории. Основным достижением в этой области является теорема об изоморфизме прямых разложений бесконечных операторных групп с конечным главным рядом (1928). Шмидт является основателем московской алгебраической школы, руководителем которой он был в течение многих лет. Она выросла из семинара по теории групп, организованного им в 1930 и превратившегося в центр деятельности советских алгебраистов в этой области[11].
Жена — Вера Фёдоровна Шмидт (Яницкая), сестра библиотечного деятеля, книговеда, библиографа, историка, географа, статистика, доктора географических наук, профессора Николая Фёдоровича Яницкого.
Внучка — Вера Владимировна Шмидт (3 февраля 1944 — 7 ноября 2014) — педиатр.
Внук — Фёдор Владимирович Шмидт (род. 3 октября 1946) — врач-проктолог.
Жена — Маргарита Эммануиловна Голосовкер (19 апреля 1889 — 8 ноября 1955), музеевед и литературовед, заведующая сектором художественной иллюстрации Института мировой литературы АН СССР (1935—1949), автор монографии «М. Ю. Лермонтов: жизнь и творчество» (М.: Искусство, 1941); сестра философа и переводчика Я. Э. Голосовкера.
Жена — Александра Александровна Горская[12] (1906—1995), участница экспедиции на пароходе «Челюскин» (в списках значится как уборщица), награждена орденом Красной Звезды.
Сын — Александр Оттович Шмидт[13] (15 сентября 1934 — 11 июня 2010).
"14 декабря 1956 года Постановлением Президиума Академии наук СССР № 681 Институту физики Земли Академии наук СССР присвоено имя О. Ю. Шмидта. 26 октября 2011 года открыт и установлен в холле института бронзовый бюст (скульптор А. Д. Казачок).
Научно-исследовательский ледокол проекта 97Н носил имя «Отто Шмидт» (период эксплуатации: с 1979 по 1991 год).
До 1938 г. имя Шмидта носил ледокол. В 1938 г. Шмидт был снят с должности начальника Севморпути, после чего ледокол был переименован в «Анастас Микоян».
Мыс Отто Шмидта на побережье Чукотки (в 1778 году Джеймсом Куком было присвоено название мыс Нордкап, в 1934 году переименован в честь О. Ю. Шмидта)[14].
Именем О. Ю. Шмидта назван поселок, который в настоящее время входит в состав городского округа Новокуйбышевск Самарской области.
Имена — Оюшминальд(а): «Отто Юльевич Шмидт на льдине», Лагшмина́льд(а): «лагерь Шмидта на льдине», Лагшмива́р(а), Лашмива́р(а): «Лагерь Шмидта в Арктике»[16][17].
↑Мехмат МГУ 80. Математика и механика в Московском университете / Гл. ред. А. Т. Фоменко. — М.: Изд-во Моск. ун-та, 2013. — 372 с. — ISBN 978-5-19-010857-6. — С. 60.
↑Математический энциклопедический словарь / Гл. ред. Прохоров, Юрий Васильевич. — М.: БСЭ, 1988 — С. 764..
↑О людях Московского университета, 2019, с. 112—113: «Экспедиция на ледоколе «Челюскин» закончлась неудачей. Ледокол был раздавлен льдами, а члены экспедиции высадились на льдину и дрейфовали два месяца в условиях полярной ночи. В этих экстремальных условиях Шмидт — руководитель экспедиции — читал своим сотрудникам лекции на самые разные темы: о международном положении, истории философии, проблемах освоения Арктики, полётах на луну, взаимовлиянии языков…».
Визе В. Ю. Моря Российской Арктики: В 2-х тт. — Т. II. — М.: Paulsen, 2016. — 340 с.: ил. — Серия «Международный полярный год». — ISBN 978-5-98797-130-7.
Колчинский И. Г., Корсунь А. А., Родригес М. Г. . Астрономы: Биографический справочник. — 2-е изд., перераб. и доп. — Киев: Наукова думка, 1986. — 512 с.
Отто Юльевич Шмидт в истории России XX века и развитие его научных идей. / Глико А. О. (гл. ред.) — М.: Физматлит, 2011.
Садовничий В. А.Отто Юльевич Шмидт (1891—1956) // О людях Московского университета. — 3-е изд., дополненное. — М.: Издательство Московского университета, 2019. — С. 111—116. — 356 с. — 3000 экз. — ISBN 978-5-19-011397-6.