В 1840 году был произведен в полковники, в 1847 году — в генерал-майоры. Командир бригады (1848). Позже — командовал воинскими подразделениями в Ютландии, руководил, среди прочего, улучшением крепости Фредерисия.
Во время Датско-прусской войны (1848—1850) К. фон Крог, был назначен главнокомандующим датской армии, но вследствие неудачных действий при Экернферде (Кильская бухта, апрель 1849) был замещён генералом Фредериком фон Бюловым, но тот потерпел поражение в битве у Кольдинга[англ.] 23 апреля от прусского корпуса фон Бонина. Датчане после штурма дюппельских укреплений были вынуждены отступить к Альзену, потеряв Кольдинг[1]. Когда Ф. фон Бюлов серьёзно заболел, К. фон Крог вновь получил главное командование датской армией (38 тысяч и 96 орудий) и в битве при Идштедте[англ.], произошедшей 24-25 июня 1850 года нанёс шлезвиг-гольштинским войскам поражение. Вскоре после битвы ему было присвоено звание генерал-лейтенанта[2].
По окончании войны он командовал войсками сначала в Шлезвиге, а затем в Голштинии.