В годы учёбы также выступал в Премьер-лиге развития ЮСЛ за клубы: «Сан-Франциско Силс» в 2006 году и «Сан-Хосе Фрогс» в 2007 году[2].
На Супердрафте MLS 2008 Макдоналд был выбран в четвёртом раунде под общим 46-м номером клубом «Лос-Анджелес Гэлакси»[3]. Его профессиональный дебют состоялся 29 марта 2008 года в матче первого тура сезона против «Колорадо Рэпидз»[4], в котором он вышел на замену после перерыва между таймами вместо Питера Вагенаса[5]. 12 октября 2008 года в матче против «Рэпидз» забил свой первый гол в профессиональной карьере[6]. 25 февраля 2009 года «Лос-Анджелес Гэлакси» отчислил Макдоналда[7].
После безуспешного просмотра в клубе-новичке MLS «Сиэтл Саундерс», 20 марта 2009 года Макдоналд подписал молодёжный контракт с «Сан-Хосе Эртквейкс»[8]. Дебютировал за «Эртквейкс» 7 июня 2009 года в матче против «Далласа». Свой первый гол за «Эртквейкс» забил 17 октября 2009 года в матче против «Чивас США»[9]. 6 января 2010 года защитник был переведён во взрослый состав[10].
17 июля 2013 года Макдоналд был обменян в «Реал Солт-Лейк» на пик третьего раунда Супердрафта MLS 2014 и условный пик Супердрафта MLS 2015[20][21][22][23][24][25][26][27]. За РСЛ дебютировал 3 августа 2013 года в принципиальном поединке против «Колорадо Рэпидз», отыграв все 90 минут[28]. По окончании сезона 2013 «Реал Солт-Лейк» не продлил контракт с Макдоналдом[29].
В марте 2014 года Макдоналд подписал контракт с клубом Суперэттана «Юнгшиле»[30][31][32]. Во втором дивизионе Швеции дебютировал 14 апреля 2014 года в матче против «Ландскруны». «Юнгшиле» решил не продлевать контракт с Макдоналдом, истекавший 30 июня 2014 года, из-за его травмы[33].
В составе гуамского клуба «Роверс» участвовал в квалификационном раунде Кубка АФК 2017. 21 августа 2016 года в матче против «Бенфики» из Макао забил гол[35].
↑2008 MLS SuperDraft(англ.). MLSsoccer.com (18 января 2008). Дата обращения: 1 сентября 2020. Архивировано из оригинала 23 января 2021 года.
↑Brandon McDonald(англ.). Los Angeles Galaxy. Дата обращения: 21 февраля 2009. Архивировано из оригинала 21 февраля 2009 года.
↑Greg Daurio.Galaxy stumble out of gate(англ.). Los Angeles Galaxy (2008-30-03). Дата обращения: 2 апреля 2008. Архивировано из оригинала 2 апреля 2008 года.