Выходец из семьи представителей среднего класса, сын чиновника, служившего в Омдурмане. Получил среднее образование в Хантубе, в 1952 году окончил суданский военный колледж. В период Октябрьской революции 1964 года командовал батальоном в Хартуме и перешёл на сторону восставших[1]. Позднее продолжал военное обучение в ФРГ и США (получил диплом магистра военных наук). Один из лидеров созданной около 1964 года подпольной армейской организации «Свободные офицеры». 25 мая1969 года Нимейри возглавил группу офицеров, осуществивших государственный переворот. В 1969—1971 годах Нимейри — председатель Революционного совета, премьер-министр, главнокомандующий вооружёнными силами.
В июле 1971 года на несколько дней был отстранён от власти в результате попытки коммунистического переворота.
При Нимейри Судан провозгласил левый курс, осудил империализм, поддержал СССР, для которого на карте Африки появилось «ещё одно прогрессивное государство». Нимейри поначалу даже ввёл коммунистов в правительство (например Фарука Абу Иссу).
К концу 1969 года СССР начал оказывать военную помощь Судану примерно на сумму от 65 до 130 млн долл. (16 истребителей МИГ-21, танки, БТР, транспорт). Советская печать («Правда» от 5.11.69) начала обосновывать важность геостратегического положения Судана. Однако уже к концу 1970 года отношения Нимейри с коммунистами резко ухудшились, и он удалил их из правительства. Летом 1971 года в стране произошла серия переворотов-контрпереворотов с участием коммунистов, что заставило Нимейри жестоко расправиться с ними и казнить их генерального секретаря Абд аль-Халика Махджуба, а также других видных коммунистов (в том числе Шафиа Ахмеда аш-Шейха и Джозефа Гаранга). Отношения с Москвой натянулись, и суданский лидер стал больше блокироваться с президентом ЕгиптаАнваром Садатом[2].
Возросшее влияние ислама в Судане 1970-1980-х годов оказало воздействие на политику Нимейри, который поначалу опирался на суданскую коммунистическую партию и проповедовал светскую концепцию «арабского социализма». Под давлением объединившихся антимарксистских сил Нимейри был вынужден изменить политику, провозгласив ислам приоритетным во всех сферах жизни.
8 сентября1983 года Нимейри объявил Судан исламской республикой и обнародовал официальный декрет о введении шариатского права. С этого времени и до апреля 1985 года Нимейри осуществлял в Судане собственную «исламскую революцию», то есть вводил мусульманские законы, суды, формы наказания, налоги. Средства массовой информации подчёркивали его набожность, контакты с суфийскими братствами, заботу о строительстве мечетей. Нимейри ввёл в правительство активистов организации «Братья-мусульмане». Радикализация исламистов была связана и с возросшей ролью ислама в мире и с лозунгами победившей в Иране «исламской революции».
В апреле 1985 года, во время официального визита Нимейри в США, в результате бескровного военного переворота режим Нимейри был свергнут политическими противниками из Национального фронта, не одобрявшими попытки тотальной исламизации Судана.
22 мая 1999 года вернулся в Судан. Своё решение Нимейри объяснил тем, что правительство страны сделало шаг в сторону политического плюрализма. В виду имелось обещание военного режима президента Омара аль-Башира восстановить систему многопартийности. Возвращение было торжественно оформлено. За Нимейри был отправлен правительственный самолёт, а среди встречавших в аэропорту находился министр по делам президента Бакри Хассан Салех. Из аэропорта Нимейри на бронированном лимузине под охраной агентов службы безопасности был доставлен в одну из государственных резиденций[3].
Джафар Нимейри (Люди и события) // Новое время. — М., 1969. — № 46. — С. 28.
Нимейри, Джафар Мухаммед (биографические справки) // Ежегодник Большой советской энциклопедии. — М.: Советская энциклопедия, 1970. — Вып. 1970. — С. 597.