В 1960-х годах Фильштинский принимал участие в написании «Советской исторической энциклопедии», написав, в частности, статью об аль-Джабарти[5]. В 1968 году в защиту Гинзбурга вместе со своей супругой Анной Соломоновной (Рапопорт) написал письмо А. Н. Косыгину. В 1968 году отстранён от преподавательской работы в Институте стран Азии и Африки при Московском государственном университете (ИСАА МГУ). Фильштинского до своего ухода с поста от осуждения защищал директор Института востоковедения Б. Г. Гафуров. В 1978 году после обыска на квартире с изъятием самиздатской литературы уволен из Института востоковедения новым директором Е. М. Примаковым. Потом Фильштинский написал про это время: «Под мельканье пропащих лет, в ожиданье всё новых бед, я тянул свой пустой билет, с той поры, как увидел свет»[4].
В 1980-х годах Фильштинский принимал участие в написании фундаментального 8-томного труда «История всемирной литературы», написав, в частности, главу о «Тысяче и одной ночи»[6]. В дальнейшем, ещё находясь в опале, получил заказ от издательства «Наука» на написание истории средневековой арабской литературы, что нашло своё отражение двухтомнике «История арабской литературы V—X вв.» и «История арабской литературы X—XVIII вв.» — opus magnum Фильштинского, который к моменту его смерти так и не заимел себе равных по охвату материала. С 1992 года, после распада СССР, Исаак снова стал преподавать в ИСАА при МГУ имени М. В. Ломоносова, читая лекции по арабской литературе и суфизму[4].
В 1993 году в ИСАА Фильштинский защитил диссертацию в виде научного доклада на соискание учёной степени доктора исторических наук по теме «Социокультурная функция словесного искусства в средневековом арабо-мусульманском обществе» (специальность 07.00.03 — «всеобщая история»). Официальные оппоненты — доктор философских наук, профессор Е. В. Завадская (Виноградова), доктор исторических наук И. М. Смилянская, доктор исторических наук, профессор Л. А. Фридман. Ведущее учреждение — Институт всеобщей истории РАН[7]. В 2008 году удостоен фестшрифта[8].
Фильштинский И. М.; Шидфар Б. Я. Очерк арабо-мусульманской культуры VII—XII вв. — М.: Издательство Академии наук СССР, 1971. — 258 с.
Арабская средневековая культура и литература (рус.) / составитель И. М. Фильштинский. Под ред. Д. В. Фролова. — М.: Наука, 1978. — 214 с.
История арабской литературы. В 2-х книгах. 1-е изд. — М.: ГРВЛ, 1985—1991; 2-е изд. — М.: URSS, 2010.
Фильштинский И. М. История арабской литературы V — начала X вв. / под ред. Б. Я. Шидфар. — М.: Главная редакция восточной литературы издательства «Наука», 1985. — 528 с. — (История литератур Востока).
Фильштинский И. М. История арабской литературы X—XVIII вв. — М.: Главная редакция восточной литературы издательства «Наука», 1991. — 400 с. — (История литератур Востока).
Фильштинский И. М. Халифат под властью династии Омейядов (661—750) (рус.). — М.: Северо-принт, 2005. — 232 с. — 1000 экз. — ISBN 5-900939-33-2.
Фильштинский И. М. История арабов и халифата (750—1517) (рус.). — 3-е, доп. и испр. — М.; СПб.: АСТ; Восток-Запад, 2006. — 352 с. — (Историческая библиотека). — 1500 экз. — ISBN 5-17-039553-1. — ISBN 5-478-00444-8.
Фильштинский И. М. Арабы и Халифат (рус.) / под ред. М. Кузьмина. — М.: Ломоносовъ, 2022. — 240 с. — (История. География. Этнография). — 1500 экз. — ISBN 978-5-91678-746-7.
Составитель, автор вступительных статей и примечаний к книгам знаменитой серии «Избранные сказки, рассказы и повести из „Тысячи и одной ночи“» (изд-во «Правда», М., 1986), в сборник входят:
аль-Джабарти. Удивительная история прошлого в жизнеописаниях и хронике событий : в 3 т. / перевод, редакция и примечания И. М. Фильштинский. — М. : Главная редакция восточной литературы издательства «Наука», 1962.
Ал-Джабарти Абд ар-Рахман. Египет в период экспедиции Бонапарта (1798—1801) / пер. предисл. и прим. И. М. Фильштинский. — М.: Наука. Главная редакция восточной литературы, 1962. — 533 с.
аль-Асмаи. Жизнь и подвиги Антары (Сират Антар) / перевод и редакция И. М. Фильштинский и Б. Я. Шидфар. Вступительная статья И. М. Фильштинский. — М.: Главная редакция восточной литературы издательства «Наука», 1968. — 456 с.
Ат-Танухи. Занимательные истории и примечательные события из рассказов собеседников / перевод и редакция И. М. Фильштинский. — М.: Главная редакция восточной литературы издательства «Наука», 1985. — 304 с.
↑Проза: [Арабская литература XIII—XVI вв.]. "Тысяча и одна ночь" // История всемирной литературы : [рус.] : в 8 т.. — М. : Наука, 1985. — Т. 3. — С. 556—561.
↑Мадх. Восхваление. Исааку Моисеевичу Фильштинскому посвящается… (рус.) / Отв. ред.: М. С. Мейер; сост.: В. А. Кузнецов, ред. К. Т. Осипова. — М.: ИД-«Ключ-С», 2008. — 500 с. — 1000 экз. — ISBN 978-5-93136-060-7.