Bajrakli džamija je sagrađena oko 1575. godine, kao jedna od 273 džamije i mesdžida (posebne islamske bogomolje), koliko ih je u tursko doba bilo u Beogradu (Putopisi Evlije Čelebije)[1]. Prvobitno se zvala Čohadži-džamija, po zadužbinaru, trgovcu čohom, Hadži-Aliji. Bajrakli džamija je jednoprostorna građevina sa kupolom i minaretom. U vreme austrijske vladavine (1717—1739) pretvorena je u katoličku crkvu (kada je i srušen najveći broj beogradskih džamija).
Po povratku Turaka, ponovo je džamija. Husein-beg, ćehaja (pomoćnik) glavnog turskog zapovednika Ali-paše, obnovio je bogomolju 1741. godine, pa se neko vreme zvala Husein-begova ili Husein-ćehajina džamija. Krajem 18. veka nazvana je Bajrakli-džamija, po barjaku koji se na njoj isticao kao znak za jednovremeni početak molitve u svim džamijama. Posle obnove u 19. veku, koju su preduzeli srpski knezovi, postaje glavna gradska džamija.
Nalazi se u ulici Gospodar Jevremovoj 11, a uz džamiju se nalazi i medresa, verska srednja škola. Bajrakli džamija je zapaljena 18. marta2004, nakon martovskih nemira na Kosovu i Metohiji, kao „odgovor“ na paljenje srpskih crkava na Kosovu.
Džamija je kasnije delimično obnovljena, i trenutno je jedina aktivna džamija u gradu Beogradu.
