Kršćansku koaliciju potakao je papa Pio V. kako bi pomogao gradu Famagosti na Cipru, kog su ga opsjedali Turci. Konačan cilj bilo je slabljenje turske moći na istočnom Sredozemlju
Tok bitke
U kršćanskoj su floti na lijevom krilu bili mletačke galije pod zapovjedništvom Agostina Barbariga. U središtu su bili španjolski brodovi Don Juana Austrijskoga, preostale mletačke galije pod vodstvom Sebastiana Veniera, te papinski brodovi pod zapovjedništvom Marcantonija Colonne. Zdesna su flotu završavali đenovski brodovi s admiralom Gianandreom Doriom.
Nasuprot njima, Turke je na desnom krilu predvodio admiral Mehmet Sorak, u sredini Mehmet Ali, a slijeva Uluč Ali.
Završna bitka (treća po redu i najteža) zaključena je premoćnom pobjedom Svete lige, zahvaljujući spretnom manevru za koji historičari još ne znaju je li bila riječ o smišljenom potezu ili pukom slučaju. Naime, đenovski su brodovi u jednom trenutku napustili bojište i zaplovili prema otvorenom moru. Nije jasno je li to bilo iz straha ili kao plod genijalne zamisli. Na povratku, udarili su turske snage s boka. Turci su uspjeli spasiti manje od polovice svoje flote, a njihov je poraz označio kraj turske premoći na istočnom Mediteranu. Usto, bila je to i posljednja bitka vođena galijama, to jest brodovima na vesla.
Za vrijeme bitke kršćanske su snage osvojile turski komandni brod, a - suprotno volji Don Juana - turskom je admiralu odsječena glava i izložena na jarbolu španjolskog komandnog broda. Time je znatno smanjen moral turskih snaga, što je ubrzalo trajanje bitke. U četiri sata poslijepodne turski su brodovi napustili bojište. U ovoj najvećoj pomorskoj bitci nakon bitke kod Akcija31. pne. poginulo je oko 25000 turskih vojnika, i potopljeno 80 turskih brodova.
Kršćanskoj su pobjedi zasigurno pridonijele i teško osvojive i snažno naoružane mletačke galije ali i nadmoćno naoružanje. Kršćanski su vojnici već koristili arkebuze, prvo vatreno oružje, dok su Osmanlije još bile naoružane običnim lukom i strijelama.
U bitci je sudjelovalo i šest hrvatskih galija u okviru mletačke flote (iz Cresa, Krka, Raba, Šibenika, Trogira i Hvara). Pored toga bile su i po jedna galija iz Kopra i jedna iz Kotora. Jedna zadarska je u danima prije bitke razbijala gusarsko brodovlje oko Lepanta kako bi brodovlje Svete lige bilo neoštećeno prije bitke. Ona ipak nije sudjelovala u Lepantskoj bitci jer je pala u ruke Osmanlijama kod Krfa.
Posljedice bitke
Ova je bitka bila prva velika pobjeda kršćanske vojske protiv Osmanskog Carstva, te je imala i osobitu psihološku važnost. Ipak, pobjednici nisu uspjeli u potpunosti iskoristiti svoju premoć zbog nedovoljnog jedinstva svojih snaga.
Osmansko Carstvo počelo je odmah s obnovom svoje flote i završilo je u šest mjeseci, no ipak je izgubilo kontrolu nad morima, a osobito nad zapadnim Sredozemljem. Na istoku su Turci ipak osvojili Cipar.
To je bila zadnja bitka u kojoj su se koristili brodovi bez jedara.
Zanimljivosti uz bitku
Kršćani su svoju pobjedu pripisali zagovoru Blažene Djevice Marije, a papa Pio V. odredio je da se u spomen na tu bitku svake godine 7. oktobra slavi spomen Blažene Djevice Marije od Krunice.
Jedan od najpoznatijih sudionika ove bitke bio je i španjolski pisac Miguel de Cervantes, koji je u njoj i ranjen, a lijeva mu je ruka ostala uzeta. Bio je smješten u bolnici u Messini.