Mubarak je nakon svog promaknuća u Egipatskom ratnom zrakoplovstvu postavljen za potpredsjednika Egipta. Predsjednik države postao je naslijedivši Anwara el-Sadata koji je ubijen u atentatu6. listopada1981.
Mubaraka kao egipatskog predsjednika su smatrali jednim od najmoćnijih političara u Africi i u regiji.Nastavio je Sadatovu politiku održavanja mira sa Izraelom te bio čvrsto vezan uz SAD i zapadne zemlje. Kritičari su mu, sa druge strane, spočitavali autoritarne metode vladavine.
Nakon višenedeljnih demonstracija, na kojima je prema procenama UNa poginulo više od 300 ljudi, 2011. godine podnosi ostavku na mesto predsednika Egipta i zajedno sa porodicom iz Kaira odlazi u Šarm el Šeik. Njegovu odluku podržala je vojska i najavila ukidanje vanrednog stanja.