U sferi trgovinske razmene, Bosna i Hercegovina je jedan od najznačajnijih partnera Srbije. U 2010. godini, BiH je bila druga po redu država po izvozu iz Srbije. Srbija je, takođe, najznačajniji strani investitor u Bosni i Hercegovini.[1]
Za vreme Kulina bana (1180—1204) Bosna (i bosanska crkva) je pružala utočište bogumilima iz Raške, koje je progonio Stefan Nemanja krajem 12. veka.[2] Kulin je prognanima pružio utočište i primio ih kao dobre hrišćane i tako ostao u narodu upamćen kao „dobri ban Kulin“. 1221. godine je održan veliki državno-crkveni sabor u Žiči, kojim su Nemanjini sinovi, Stefan i Sava Nemanjić, započeli nove progone bogumila u Raškoj. Mnogi prognanici ponovo beže u Bosnu, zbog čega prvi sabor Srpske crkve proklinje poglavare Bosanske crkve (Rastudija i ostale), koji su pružali utočište prognanih hrišćanima.[3] Bosna je zbog primanja "heretika" imala problema sa Inkvizicijom.
Čim se monarhična vlada utvrdila u zemlji, ona je odmah počela pomišljati da rasprostrani granice svoje vlasti i van Srbije ... Misao da se Bosna i Hercegovina sjedine sa Srbijom počela se širiti i u Srbiji i kod tamošnjeg naroda. To je bilo načelo politike koja je poznata pod imenom Velika Srbija.[6]
Marković je velikosrpsku politiku svog savremenika Kneza Mihajla smatrao ništavnom, jer su protiv nje bile neodoljive prepone. Jedna od njih je bila bosanska vlastela sa njenim davnašnjim pravima. Marković je verovao da je nemoguće dobiti Bosnu mirnim putem ukolko se vlasteli ne ujamče njena starinska prava, što bi značilo ostaviti bosansku raju u ropstvu. Dobiti Bosnu ratom, znači uništiti domaću aristokraciju, a kad bi se raja oslobodila od ropstva, "da li bi se ona slagala da dođe pod srpske pandure, kapetane i ostale gospodare?"[7] Svetozar Marković, koji se i sam zalagao za oslobođenje Srba koji žive pod osmanskom ili habzburškom vlašću, izričito je odbijao ulogu Kneževinu Srbiju kao „Pijemonta Južnih Slovena“ i politiku teritorijalne ekspanzije Srbije.[8] Umesto toga, Marković je predlagao stvaranje Balkanske federacije.[9]
Početkom 20. vijeka Srbija je pomagala Mladu Bosnu, tajnu omladinsku revolucionarnu organizaciju osnovanu radi borbe protiv austro-ugarske vlasti nad Bosnom i Hercegovinom. Mladu Bosnu su uglavnom činili bosansko-hercegovački Srbi, ali je među njenim redovima bilo i Hrvata i Bošnjaka. Iza nje je stajala tajna oficirska organizacija Crna ruka, odnosno šef srbijanske vojne obavještajne službe Dragutin Dimitrijević Apis. Njena najpoznatija akcija bila je atentat na austrougarskog prijestolonaslijednika Franju Ferdinanda i njegovu suprugu Sofiju u Sarajevu, 28. juna 1914. godine, što je bilo povod za prvi svetski rat.
Nastankom Kraljevine SHS, Bosna i Hercegovina je dospela pod vlast srpske dinastije Karađorđević. Dominantni ideološki sukob jugoslovenske države je bio između hrvatskog regionalizma i srpskog centralizma, dok je Bosna u tome prolazila u zavisnosti od ukupne političke atmosfere. Iako je Kraljevina bila podijeljena na 33 oblasti koje su brisale tradicionalne geografske granice, ipak su Bosanski političari kao što su Mehmed Spaho osigurali da Bosna i Hercegovina očuva teritorijalni integritet. No, uspostavljenje Kraljevine Jugoslavije 1929. godine donijelo je ponovno povlačenje granica u banate koji su navodno zaobilazili sve etničke i historijske linije, su izbrisale svaki trag Bosanskog entiteta. Poznati dogovor Cvetković-Maček je stvorio banovinu Hrvatsku1939. što je praktički bilo podjela Bosne između Srbije i Hrvatske.
Srbija je od samog početka sudjelovala u ratu u BiH, prvo preko srpskih rezervista, regruta i oficira koji su služili JNA, zatim preko raznih dobrovoljačkih i paravojnih formacija, te vojne, logističke, obavještajne i tehničke podrške davane oružanim formacijama bosanskih Srba. JNA je prilikom „lažnog povlačenja iz Bosne” 1992. godine ostavila oko 70.000 komada oružja, tenkove, kao i municiju sa oznakama SR Jugoslavije, čije su čaure pronađene u Srebrenici.[10] Bivši načelnik generalštaba VJ Momčilo Perišić je odgovoran za materijalnu i logističku pomoć Vojsci Republike Srpske; VJ je obezbeđivala i plaćala oficirski kadar VRS. Obezbeđivanje oficirskog kadra je vršeno tajno, kako bi se prikrila umešanost Srbije u sukobe u BiH. Pri Generalštabu VJ je postojao „30. kadrovski centar”, preko kojeg se vršila isplata oficira u Bosni, uključujući i Ratka Mladića, komandanta VRS. Ti i drugi oficiri VRS umešani u zločine dobijali su plate iz Beograda. Činove koje su imali i koji su im omogućavali da budu na položajima vlasti verifikovala je i regulisala VJ.[10] Pored opšte logističke i finansijske podrške, u genocidu je direktno učestvovala i paravojna formacija "Škorpioni", pod kontrolom Ministarstva unutrašnjih poslova Srbije.
Skupština Srbije najoštrije osuđuje zločin nad bošnjačkim stanovništvom Srebrenice u julu 1995. godine, na način utvrđen presudom Međunarodnog suda pravde. Izražava se saučešće i izvinjenje porodicama žrtava zbog toga što nije učinjeno sve da se spreči ova tragedija.
2011. godine Evropski pokret u Srbiji je načinio analizu odnosa Srbije i Bosne i Hercegovine koja ukazuje na sledeće probleme: međudržavno razgraničenje, procesuiranje ratnih zločina, status predratne imovine privrednih subjekata i sukcesija, a posebno neizbalansiran odnos vlasti u Beogradu sa Banjalukom i Sarajevom.[1] Oni smatraju da politika Srbije prema Bosni i Hercegovini treba da bude usmerena na jačanje odnosa sa celovitom državom, na kontinuirani dijalog najviših predstavnika dveju država, pri čemu je neophodno reaktivirati Međudržavni savet za saradnju između Republike Srbije i Bosne i Hercegovine.[1] Takođe, neretko se građani Federacije Bosne i Hercegovine prilikom ostvarivanja određenih ekonomsko-socijalnih i kulturnih prava u Republici Srbiji dovode u neravnopravan položaj. Obzirom da su nadležnosti BiH u mnogim oblastima uglavnom na nivou entiteta, potrebno je razmotriti zaključivanje sporazuma o specijalnim i paralelnim odnosima i sa Federacijom BiH, kako bi tretman građana BiH u Srbiji bio ravnopravan.[1]
Autori studije navode da su zajednički spoljnopolitički prioriteti BiH i Srbije članstvo u Evropskoj uniji, jačanje regionalne saradnje i unapređenje bezbednosti u regionu, poboljšanje odnosa sa susedima i poboljšanje odnosa sa Sjedinjenim Američkim Državama, Rusijom i Kinom. Istovremeno, obe zemlje imaju veoma kvalitetne bilateralne odnose sa Republikom Turskom, koja je doprinela poboljšanju odnosa između Srbije i Bosne i Hercegovine i obnavljanju dijaloga. Srbija i Bosna i Hercegovina mogle bi da uspostave intenzivniju saradnju u vezi sa procesom pridruživanja i pristupanja Evropskoj uniji, imajući u vidu da je to zajednički cilj. Takođe je potrebno ojačati odnose Srbije sa centralnim bosansko-hercegovačkim vlastima.[1]
Bilateralne odnose između Srbije i Bosne i Hercegovine trebalo bi sagledavati i u širem, regionalnom kontekstu, pre svega u trouglu odnosa Srbija – Bosna i Hercegovina – Hrvatska. Iako političke elite Srbije i Hrvatske sada naglašavaju podršku celovitosti Bosne i Hercegovine, evidentno je povremeno mešanje u unutrašnje stvari ove zemlje kroz izrazite uticaje na hrvatske i srpske etnonacionalne elite u Bosni i Hercegovini.[1] Ocenjuje se da bosanski političari mogu doprineti konsolidaciji prilika u Sandžaku, oblasti Srbije gde žive pripadnici bošnjačkog naroda. U tom smislu je značajna izjava Bakira Izetbegovića, člana Predsedništva BiH, da ne podržava stvaranje novih granica na Balkanu i formiranje etničkih teritorijalnih autonomija.[1]
6. aprila2012. godine, prilikom obeležavanja 20 godina od početka srpske opsade Sarajeva, Miloš Urošević iz beogradskih “Žena u crnom” kaže da je u srbijanskim društvu na snazi “relativizacija agresije na BiH” i da je odnos Demokratske stranke prema Bosni i Hercegovini "nastavak Miloševićeve zločinačke politike".[13] Istim povodom, predsednica Helsinškog odbora za ljudska pravaSonja Biserko je ocenila: "Srbija nastavlja sa istom politikom prema Bosni koja i dovela do rata".[14]