Okavango izvire kao Kubango južno od mjesta Vila Nova, na angolskojVisoravni Bié, na nadmorskoj visini 1780 m. Od tamo teče strmoglavo se spuštajući kroz Angolu isprva prema jugu, a onda zaokreće prema jugoistoku. U tom gornjem dijelu svog toka ima brojne brzace. U srednjem dijelu svog toka formira granicu između Angole i Namibije.[1]
Nakon što primi svoju najveću pritoku Cuito, Okavango izlazi iz Angole i protiče krozNamibiju preko uskog jezička poznatog kao - Caprivi i ulazi u Bocvanu.[1]
Odmah po ulasku u ravnicu BocvaneOkavango se počinje razlijevati na brojne rukavce, da se nakon 112 km razlije u pravu trokutastu - deltu široku 240 km, sa površinom od oko 16 800 km². Ona se za kišne sezone pretvara u pravu močvaru, ali za sušnog vremena i velikog isparavanja drastično promjeni svoj izgled.[1]
Okavango ima sliv velik oko 721 258 km² i prosječni istjek od 475 m3/s koji jako varira.
U gornjem toku u Angoli Okavango teče kroz šumovit kraj, ali kako se spušta prema jugu - šume postaju sve rijeđe da se u srednjem dijelu krajolik pretvori u suhu savanu - prošaranu rijetkim bagremovima. Na samom kraju u močvarnojdelti jedina vegetacija su gustiši papirusove trstike i vodeno bilje koje raste po plićacima rijeke i njenih bezbrojnih rukavaca, uz krpice šuma i savana između rukavaca. Papirusovi šumarci često nabujaju do mjere da jednostavno blokiraju protok vode, pa rijeka izmjeni svoj tok i poteče u drugom smjeru.[1]
Okavango već od sredine ima brojne meandre i vrlo promjenjivo korito, pa se često razlijeva u brojne rukavce, koji se za suše zatrpaju, pa kad nastupi sezona kiša u Angoli u januaru, i ponovno oživi korito rijeke poteku nekim novim koritom - tako da se njegova dužina od 1 600 km treba uzeti sa rezervom, - jer se ona stalno mijenja.
Iako Okavango ima vode, što je rijetkost u tom sušnom kraju, njegov sliv je rijetko naseljen, jedan od glavih razloga je velik broj muha ce ce, izuzetno opasnih za ljude i njihove životinje. Okavango nije plovan, osim za manje riječne čamce.[1]
