To je ujedno i naziv za kompleks zgrada te zajednice – samostan. Za srednjeg vijekaopatije su bile jezgra oko kojih bi se formirala naselja, zbog tog mnoga naselja i gradovi imaju u svom imenu riječ opatija (abbazia, abbey – kao grad Opatija) ili badija (npr. otok Badija kod Korčule.[2]
Protiv takvog stanja stvari pokrenuta je u 11. vijekuklinijevska obnova u Opatiji Cluny, nakon koje pojedine manje opatije više nisu bile samostalne, nego podređene centralnoj opatiji, stvarajući tako veću zajednicu. Istovremeno se te samostane nastojalo izuzeti iz biskupske vlasti i podrediti ih izravno Vatikanu, kako bi bile autonomnije.
U to je doba naziv opatija počeo ponovno označavati kompleks samostanskih zgrada, a ne više feudalno dobro. Kraj 11. i početak 12. vijeka bio je vrhunac benediktinskih opatija; Monte Cassino, Opatija Cluny, a tad su se pojavile i druge monaške zajednice sa strožim pravilima kartuzijanci i cisterciti sa vlastitim tipom samostana.[2] Cisterciti su se brzo proširili Evropom, gradili su svoje samostane na čvrstom modularnom principu, i počeli graditi pojedine zgrade izvan zidina (ambulanta, staje, itd..) Klaustar naslonjen na zidove crkve, je i nadalje bio mjesto za trenutke zajedničkog života, ali je kapitul na istočnoj strani iznad kog je podignut dormitorij dobio na većoj važnosti. Oni su počeli graditi i neki sistem kanalizacionih kanala, ali su i nadalje bili seoska zajednica okrenuta poljoprivredi. Tek nakon pojave novih redova u 13. vijekufranjevci, dominikanci koji su uspjeli steći privilegirani status sa gradskim komunama, grade se samostani po gradovima.[2]
Struktura opatije
Pravi obrazac za izgradnju opatija, bila je Opatija Sankt Gallen koja daje sliku tipičnog monaškog kompleksa 9. vijeka.[2] To je bio složeni arhitektonski organizam podignut oko crkvebazilikalnoga tipa, unaokolo klaustra podignute su redovničke zgrade, sa kapitulom (dvorana za sastanke), bibliotekom, dormitorijem, blagovaonicom (refektorij). Odvojene od njih podignute su razno razne zgrade za radionice, ambulantu, skladišta, opatov stan, staje za stoku...[2]
Prema tom obrascu, koji se zadržao kroz čitav srednji vijek, po svoj Evropi podignute su brojne opatije u romaničkom i gotičkom stilu, koje su za ono vrijeme predstavljale ne samo vjerske, već i centre pismenosti, kulture i trezore znanja prethodnih vijekova.
Spavaonica (dormitorij) je najčešće građena iznad refektorija na istočnoj strani klaustra, ona je bila povezana sa crkvom dnevnim stepeništem preko hodnika uz klaustar, ali i sa noćnim stepeništem koje je vodilo direktno do crkve.[3]
Zapadna strana klaustra bila je namjenjena za kontakte sa vanjskim svijetom. Tu se nalazila soba za milodare (almosener), ćelije za goste, podrumi i staje. U tom dijelu blizu glavnog ulaza u kompleks, nalazile su se i prostorije (ili zgrada) opata,. Na južnoj strani klaustra, bila je centralna kuhinja, pivovara i razne radionice (kovačka, bačvarska, postolarska, sedlarska, emajlerska..)[3] Iza njih prostirao se pojas prostorija uzgoju stoke i poljoprivredi.
Važna zgrada unutar zidina opatije bio je novicij (za smještaj novih fratara), on je prema običaju tadašnjih bolnica bio prostor potpune izolacije, sa vlastotom kapelom, kupaonom, blagovaonom, kuhinjom i vrtom. Važni objekt bila je i Ljekarnička zgrada, sa vrtom ljekovitog bilja i malom priručnom ambulantom.[3]