Na partijskom sastanku u Crikvenici, avgusta 1941. godine, izabran je za sekretara partijske ćelije, a sredinom septembra za člana Okružnog komiteta KP Hrvatske za Hrvatsko primorje. Dobio je veoma odgovoran zadatak, da u uslovima ilegalnog rada, rukovodi tehnikom Okružnog komiteta. Bubanj je ovaj zadatak, s uspehom, obavljao četiri meseca, šaljući preko partijskih kanala biltene i ostali materijal partijskim organizacijama. Ovaj ilegalni rad je prekinut početkom novembra 1941. godine, zbog italijanske provale u partijsku organizaciju u Kraljevici, kada su saznali da se tehnika Okružnog komiteta nalazi u Crikvenici i da njom rukovodi Viktor Bubanj. Tehnika je sklonjena u Novi Vinodol, a Viktor je otišao u partizane, u Ličku četu.
Kao vođa diverzantske grupe, Viktor je sa svojim drugovima uspeo da, krajem 1941. i početkom 1942. godine, ošteti tri italijanske kompozicije, pri čemu se istakao kao vrlo hrabar i snalažljiv borac. Ubrzo je postao komandir voda, pa čete, a u maju 1942. godine postavljen je za komandanta Prvog primorsko-goranskog partizanskog odreda. U zasedi koju je sa odredom postavio kod Brinja uspeo je da uništi jaku italijansku motorizovanu kolonu, a zatim je, posle dvodnevnih borbi, s odredom zauzeo i ustaško uporište Modruš. Po naređenju Glavnog štaba NOP odreda Hrvatske, Bubanj je sa Prvim i Drugim udarnim bataljonom i sa kordunaškim partizanima, učestvovao u čišćenju ustaških garnizona na Kordunu. Njegovi bataljoni su napali ustaško uporište Blagaj, kod Veljuna i uništili ga, a zatim, pri povratku u Gorski kotar, usred dana iznenada napali Italijane kod Tisovca. U toj borbi poginulo je oko 300 italijanskih vojnika, a oko 40 zarobljeno.
Kao pilot-lovac, Bubanj je ubrzo postavljen za komandanta avijacijske divizije stacionirane u Zagrebu. U jesen 1946. godine postavljen je na dužnost Načelnika štaba Jugoslovenskog ratnog vazduhoplovstva, a maja 1954. godine, po završenoj Višoj vojnoj akademiji JNA, prelazi na dužnost komandanta avio-korpusa u Zagrebu, a zatim septembra 1962. preuzima dužnost zamenika komandanta Ratnog vazduhoplovstva i protivvazdušne odbrane (RV i PVO) i pomoćnika državnog sekretara za narodnu odbranu. Od 19. maja1964. do januara 1970. godine obavljao je dužnost komandanta RV i PVO.