Narodil sa v Euskirchene pri Kolíne ako syn obchodníka. Po ukončení štúdia si predsavzal, že bude študovať prírodné vedy, ale jeho otec ho prinútil pracovať v rodinnom podniku až kým nezistil, že jeho syn je nevhodný pre toto povolanie.
Fischer potom začal navštevovať Univerzitu v Bonne v roku 1872, v tom roku však prestúpil na Univerzitu v Štrasburgu. Svoj doktorát získal za štúdium ftalínov. V 1875 nasledoval jedného zo svojich učiteľov na Univerzitu v Mníchove a stal sa tam profesorom chémie. V roku 1881 sa stal profesorom na Univerzite v Erlangene. V roku 1888 mu bolo ponúknuté miesto profesora chémie na Univerzite vo Würzburgu, kde zostal až do roku 1892, kedy mu bolo ponúknuté miesto predsedu katedry chémie na Univerzite v Berlíne po A. W. Hofmannovi. Tu pôsobil až do svojej smrti v roku 1919.
Fischer je známy svojou prácou o cukroch a iných významných organických syntézach glukózy a purínu.
Jeho meno stále nachádzame v mnohých chemických reakciách a pojmoch:
