Jeho nároky na kráľovskú korunu po otcovej smrti bránila matka a jej radca Juraj Utešenovič (predstavený pavlínskeho hláštora v Sajóláde v Maďarsku), ktorí dali Jána Žigmunda ako trojmesačného korunovať za uhorského kráľa.
Izabela spolu so synovými prívržencami viedli aj v nasledujúcich rokoch aktívny boj proti zákonitému kráľovi Ferdinandovi I. Izabela povolala na pomoc osmanských Turkov, ktorí donútili viedenský dvor v roku 1547 k ponižujúcemu prímeriu a rozdeleniu Uhorska na tri časti, z ktorých Sedmohradsko so Zátisím pripadli Jánovi Žigmundovi ako právoplatné vojvodstvo, vazalsky však závislé od Osmanskej ríše.
Ferdinand I. po upevnení svojej moci v krajine a krátkom zmocnení sa Sedmohradska donútil Izabelu s Jánom Žigmundom opustiť Uhorsko. V roku 1556 povolali sedmohradské stavy Jána Žigmunda z poľského exilu a po matkinej smrti (v r. 1559) sa ujal faktickej moci v Sedmohradsku. Jeho ďalšie snahy o získanie uhorskej koruny však boli bezúspešné a v roku 1570, rok pred svojou smrťou, sa ich definitívne vzdal. Jánom Žigmundom rod Zápoľskovcov vymrel.
.svg)