Neuer prešiel všetkými mládežníckymi kategóriami v Schalke 04 a v roku 2005 podpísal profesionálnu zmluvu. V nemeckej Bundesligedebutoval ako dvadsaťročný v sezóne 2006/2007. Aj napriek nízkemu veku sa všeobecne predpokladalo, že je potencionálnym nástupcom Jensa Lehmanna v Nemeckom národnom futbalovom mužstve.[2] Dostal sa do užšieho výberu na ocenenie UEFA Club Goalkeeper of the Year, v ktorom bol najmladším a tiež jediným Bundesligovým brankárom.[3]
Bayern Mníchov
1. júna 2011 potvrdilo vedenie klubu Schalke, aj Bayern Mníchov, že Neuer prestúpi do Bayernu Mníchov v júli 2011.[4] Neuer podpísal päťročnú zmluvu, ktorej platnosť uplynie v júni 2016. Prestup stál 22 miliónov eur, ktorý z Neuera urobil druhého najdrahšieho brankára všetkých čias.
Neuer sa zúčastnil Finále UEFA Ligy majstrov 2012 proti Chelsea a v tomto zápase sa zúčastnil penaltového rozstrelu. Chytil prvú penaltu strelenú Juanom Matom, ale zvyšok penált Chelsea skórovala a Mníchov prehral tento zápas 4 – 3 v penaltách.
Za rok vyhrali tuto trofej proti Borusii Dortmund 2-1 .
Po šokujúcej smrti Roberta Enkeho v novembri 2009 a zranení René Adlera sa stal nečakane brankárskou jednotkou nemeckého tímu pre Majstrovstvá sveta vo futbale 2010.[7] V základnej skupine inkasoval iba jeden gól v prehranom zápase proti Srbsku. V osemfinále proti Anglicku bol pri spornom momente, kedy rozhodca neuznal súperovi regulárny gól, ktorý aj podľa Neuera mal platiť.[8]