Po tem se je vrnil v Göttingen in leta 1881 dotoriral na tamkajšnji univerzi z disertacijo Sferne funkcije in Laméjeve funkcije kot determinante (Die Kugelfunktionen und Laméschen Funktionen als Determinanten) pod Scheringovim mentorstvom.[2] Nato je delal kot profesor na kmetijski visoki šoli v Wehlauu v Vzhodni Prusiji (sedaj podeželska vas Znamensk, Kaliningrajska oblast). Leta 1883 je emigriral v Anglijo kjer je učil do leta 1885 na javni šoli v Uppinghamu.
Svoj študij je zaključil v Londonu in se junija 1886 habilitiral z disertacijo O linearnih diferencialnih enačbah drugega reda, katerih rešitve povezuje algoritem verižnega ulomka (Über lineare Differentialgleichungen zweiter Ordnung, deren Lösungen durch den Kettenbruchalgorithmus verknüpft sind).[3] Od leta 1886 do 1889 je kot privatni docent poučeval matematiko na Univerzi v Münchnu, zaradi finančnih finančnih razmer pa je moral od leta 1890 do 1902 spet delati kot višji učitelj na 1. realki v Berlinu.
——— (1886), Über lineare Differentialgleichungen zweiter Ordnung, deren Lösungen durch den Kettenbruchalgorithmus verknüpft sind [O linearnihdiferencialnih enačbah drugega reda, katerih rešitve povezuje algoritem verižnega ulomka], Göttingen: Dieterich
——— (1887a), »Integration regulärer linearer Differentialgleichungen zweiter Ordnung durch die Kettenbruchentwickelung von ganzen Abel'schen Integralen dritter Gattung« [Integracija regularnih linearnih diferencialnih enačb drugega reda prek zveznega raztezanja celih Abelovih integralov tretje vrste], Mathematische Annalen, 30: 553–562, doi:10.1007/BF01444096, JFM19.0324.02
——— (1887b), »Zur Theorie der mehrwertigen mehrfach linear verknüpften Functionen« [O teoriji mnogokratnih linearno povezanih funkcij z več vrednostmi], Acta Mathematica, 11 (1–4): 97–118, doi:10.1007/BF02612320, JFM19.0374.02, MR1554750
——— (1888a), »Ueber Euler's homogenen lineären Multiplicator zur Integration der regulären Differentialgleichungen zweiter Ordnung« [O Eulerjevem homogenem linearnem multiplikatorju za integracijo regularnih diferencialnih enačb drugega reda], Mathematische Annalen, 31: 363–373, doi:10.1007/BF01206221, JFM20.0339.03
——— (1888b), »Bemerkungen zur Theorie der mehrfach lineär verknüpften Functionen« [Opombe k teoriji več linearno povezanih funkcij], Acta Mathematica, 12 (1): 103–108, doi:10.1007/BF02592179, JFM20.0421.01, MR1554769
——— (1889c), »Die Herstellung Einer Lineären Differentialgleichung aus Einem Gegebenen Element der Integralfunction« [Izdelava linearne diferencialne enačbe iz danega elementa integralske funkcije], American Journal of Mathematics, 11 (3): 215–220, doi:10.2307/2369324, JFM21.0320.01 – prek JSTOR
——— (1897), »Die Bestimmung der Geschwindigkeit nach den Methoden der Photogrammetrie« [Določanje hitrosti s fotogrametričnimi metodami], Schlömilch Zeitschrift, 44: 18–27, JFM30.0471.02
——— (1902a), »Das Verhalten des Virials und des Momentes eines stationären Kräftesystems bei der Bewegung des starren Körpers« [Obnašanje virialov in navorov mirujočega sistema sil med gibanjemtogega telesa], Zeitschrift für Mathematik und Physik, 47: 104–125, JFM33.0745.03
——— (1902b), Formeln und Lehrsätze der allgemeinen Mechanik in systematischer und geschichtlicher Entwickelung [Formule in izreki splošne mehanike v sistematičnem in zgodovinskem razvoju], De Gruyter, ISBN978-3-11-127990-9
——— (1903), »Über die Einwirkung der Technik auf die Entwicklung der theoretischen Mechanik« [O vplivu tehnike na razvoj teoretične mehanike], Jahresbericht der Deutschen Mathematiker-Vereinigung, 12: 389–398, JFM34.0736.02
——— (1908), »Die Grundgleichungen der Kinetostatik der Körperketten mit Anwendungen auf die Mechanik der Maschinen« [Osnovne enačbe kinetostatike telesnih verig z aplikacijami v mehanikistrojev], Zeitschrift für Mathematik und Physik, 56: 38–77, JFM39.0760.01
Renteln, M. von (1995), »Karl Heun - his life and his scientific work«, v Ronveaux, André (ur.), Heun's differential equations, (Oxford Science Publications), The Clarendon Press Oxford University Press, str. XVII–XX, ISBN978-0-19-859695-0, MR1392976, OCLC34016611
Staicova, Denitsa; Fiziev, Plamen Petkov (2016), »The Heun Functions and Their Applications in Astrophysics«, v Dobrev, Vladimir (ur.), Lie Theory and Its Applications in Physics, (Springer Proceedings in Mathematics & Statistics), zv. 191, doi:10.1007/978-981-10-2636-2_20