Boltzmannu se je ponudila priložnost, da bi zasedel Kirchhoffovo mesto na Univerzi v Berlinu, vendar je ponudbo odklonil. Leta 1894 je nasledil Stefana na Univerzi na Dunaju. Boltzmannovo delo so mnogi znanstveniki tedaj ostro napadli. Njegovo delo so kmalu po njegovem samomoru tudi podprli s poskusi. Na njegovi nagrobni plošči je vklesana njegova enačba, ki povezuje entropijo S in stopnjo neurejenosti sistema:
kjer je P število možnih mikroskopski stanj, ki dajo enako termodinamično stanje v katerem je lahko sestav. Enačbo je Boltzmann objavil v obliki z današnjo pisavo:
Ameriški matematik Alfred James Lotka je leta 1922 pripisal Boltzmannu predlog o pojmovanju razpoložljive energije (imenovane tudi eksergija) v biološkem smislu in tudi evolucije organskega sveta. Lotka je tolmačil Boltzmannov pogled, ki podaja možnost da lahko smatramo razpoložljivo energijo kot osrednjo zamisel, ki združuje fiziko in biologijo kot kvantitativno fizikalno načelo evolucije. Ameriški ekolog ekosistemov Howard Thomas Odum je kasneje naprej razvil ta pogled kot izrek največje moči.