Каријеру је почео Радничком из Ковина, афирмисао се у Пролетеру из Зрењанина (1992—94), у чијем је дресу одиграо 63 прволигашких сусрета и постигао 25 голова. Сјајним партијама у дресу зрењанинског Пролетера иницирао је „трку” Црвене звезде и Партизана за његовим потписом. На крају прелази у Црвену звезду са којом осваја „дуплу круну” већ у првој сезони.
Наредне године, већ на полусезони, прелази у енглески Шефилд венсдеј (1996). Са њима проводи само једну полусезону у којој је одиграо 16 лигашких утакмица и постигао 4 гола.
Каријеру наставља у Шпанији и за осам сезона у дресу Реал Сосиједада (1996-99 и 2001-07) постаје жива легенда овог баскијског клуба, пошто је, од када је он обукао плаво-бели дрес, Сосиједад израстао из другоразредног клуба у кандидата за титулу и евро-купове.
Трансфер Дарка Ковачевића у Јувентус 1999. био је један од највећих у историји српског фудбала, пошто је био вредан 12 милиона фунти. Ретко је добијао шансу у Јувентусу од првог минута, пошто су предност имали азурни репрезентативни тандем: Инзаги - Дел Пјеро и француски репрезентативац Давид Трезеге.
Досадило му је седење на клупи Јувентуса, па је био део размене двојице познатих фудбалера: чилеански репрезентативац Марсело Салас потписао је за торинске „бело-црне”, док је Дарко Ковачевић прешао у римски Лацио.[1] У дресу „лацијала” се није прославио и одиграо је само седам првенствених сусрета.
Поново се враћа у Реал Сосиједад и у тандему са Нихатом Кавечијем чини незадржив нападачки тандем. Иако је за време другог боравка у Сан Себастијану за кратко време доживео породичну трагедију – остао је без брата, оца и мајке, а потом имао врло тешку повреду, успео је да се издигне и врати се на терен.[2]
У јулу 2007. постаје члан грчког Олимпијакоса и у дресу пирејског клуба одиграо 61 утакмицу, постигао 39 голова и освојио „дуплу круну” у сезони 2007/08, као и грчки Суперкуп 2007. године.
