Baltiskas stationen uppfördes i slutet av 1860-talet som del av den Baltiska järnvägen. Nuvarande stationsbyggnad byggdes under den sovjetiska epoken på 1960-talet och har renoverats efter Estlands självständighet i början av 1990-talet. Som en följd av Sovjetunionens upphörande minskade fjärrtrafiken.
Med GoRail finns internationella förbindelser mot Ryssland via Narva: med nattåg mot Moskva och dagtåg mot Sankt Petersburg. För resa mot Lettland och Litauen krävs idag byte i Valga vid lettiska gränsen.