Statsbildningar torde ha uppkommit på Borneo redan kring Kristi födelse. Ön omtalas i kinesiska källor från omkring år 1000, och tidvis kontrollerades ön av Srivijayariket och Majapahitriket.[1]
Under 1500-talet upptäcktes ön av européerna, samtidigt började islam spridas på ön. Då dessa anlände innehade de indonesiska Kutai och Sukadanasultanaten områden på västra delen av ön, Banjarmasinsultanatet kontrollerade södra delen av ön och i nord och nordväst styrdes ön av malajsultanaten Brunei och Sambas. Spanjorer och portugiser tog efter sin ankomst kontroll över handeln, men efterträddes på 1600- och 1700-talet av Nederländerna. I allians med det 1771 grundade Pontianaksultanatet lade holländarna under sig sydöstra delen av ön, medan Storbritannien tog kontroll över nordvästra delen av ön. Den brittiske sjöofficeren James Brooke lyckades 1841 skapa ett eget rike i Sarawak och erkändes av sultanen av Brunei som raja.[2]
1878 lade ett brittiskt bolag under sig Sulusultanatets område och erhöll 1888 brittiskt beskydd som protektoratet Nord-Borneo. Sarawak erkände 1888 Storbritanniens överhöghet, 1906 sultanen av Brunei, och 1946 sålde ättlingarna till James Brooke sitt rike till brittiska kronan. Gränserna mellan brittiska och nederländska intresseområden på ön fastställdes på 1890-talet.[2]
Under andra världskriget invaderade japanska trupper Borneo mellan 1941 och 1945, och avrättade stora delar av den lokala befolkningen inklusive många malajiska intellektuella. 1950 lades den nederländska delen av Borneo under den nyinrättade staten Indonesien. Sarawak och Sabah blev 1963 självständiga delstater i den då inrättade staten Malaysia. Brunei blev 1984 ett självständigt sultanat.[1]
Borneo var huvudpunkten för konfrontationen mellan Indonesien och Malaysia mellan 1962 och 1966, och har även råkat ut för kommunistiska revolter med målet att behärska hela området. Under senare tid har Filippinerna krävt den norra delen av Borneo från Malaysia; flera olika territoriella krav över Borneo har lösts av internationella domstolen i Haag.
Borneo har till större delen varit täckt av tropisk regnskog. Regnskogen hotas dock av avverkning, bland annat för att ge plats för odling av oljepalm. Avskogningen har blivit Borneos största miljöproblem. På Borneo finns på grund av de särskilda betingelserna, en av världens största biologiska mångfald. Enligt Världsnaturfonden har ön sju ekoregioner.
Varma källor finns i Kunabalu Park runt om högsta berget Kinabalu.
Borneo hyser omkring 15 000 växtarter varav 3 000 arter träd, över 1 000 olika orkidéer. Här finns världens största blomma, Rafflesia arnoldii. Flera arter är endemiska.
Flera gånger har man vid inventeringar på senare tid funnit flera aldrig tidigare noterade arter.
Från och med maj 2007 är en tredjedel av Borneo naturskyddsområde. Representanter för Brunei, Indonesien och Malaysia har undertecknat ett avtal om att skydda den känsliga regnskogen i hjärtat av Borneo. Avtalet omfattar ett område på 220 000 kvadratkilometer.
Regnperiod oktober/november—april under nordostmonsunen. Regnet kommer oftast på eftermiddagarna; det är sällan regn hela dagen. Därefter torrtid fram till juni, då mindre regn kan komma.