Brandon Roy valdes som sjätte spelare i 2006 års NBA DraftavPortland Trail Blazers. Han spelade för dem mellan 2006 och 2011. Den 10 december 2011 meddelade han sin pension, på grund av sina degenerativa knäskador.
Säsongen 2012-2013 gjorde Roy comeback i laget Minnesota Timberwolves. För Minnesota spelade han enbart fem matcher innan han beslöt sig för att gå i pension för gott.