Församlingen har medeltida ursprung. Fram till 1947 användes även namnet Bondkyrka församling och därefter till 1962 Heliga Trefaldighets församling. År 1544 införlivades Sankt Pers församling, och omkring 1550 utbröts Uppsala församling. År 1974 utbröts Gottsunda församling.
Församlingen utgjorde till 1621 ett eget pastorat för att därefter till 1806 vara annexförsamling i ett pastorat med Uppsala församling. Från 1806 till 1 maj 1923 var den ett eget pastorat för att därefter till 1962 vara moderförsamling i ett pastorat med Börje församling. Från 1962 till 2014 var den åter ett eget pastorat.[5] Från 2014 ingår församlingen i Uppsala pastorat. [6]
Areal
Helga Trefaldighets församling omfattade den 1 januari 1976 en areal av 25,0 kvadratkilometer, varav 24,6 kvadratkilometer land.[7]
^Stift, kontrakt och pastorat i nummerordning med ingående församlingar 2020-01-01, SCB, läs online.[källa från Wikidata]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]