När Florida 1861 utträdde ur USA, valdes Morton till den provisoriska konfederata kongressen. Den provisoriska kongressen var ett enkammarparlament som 1862 ersattes av ett tvåkammarparlament som bestod av CSA:s senat och CSA:s representanthus. Morton lämnade politiken i samband med att tvåkammarparlamentet kom till stånd i Amerikas konfedererade stater.