* Antal matcher och mål i seniorlag räknas endast för de inhemska ligorna och är korrekt per den 5 juli 2024. ** Antal landskamper och mål är korrekta per den 5 juli 2024.
Den 7 juli 2018 värvades Niakhaté av Mainz 05, där han skrev på ett femårskontrakt.[1] Den 18 augusti 2018 gjorde Niakhaté sin tävlingsdebut i en 3–1-vinst över Erzgebirge Aue i tyska cupen, där han fick rött kort i den 3:e minuten.[2] Niakhaté etablerade sig snabbt i mittförsvaret och missade endast fyra ligamatcher under sin första tre säsonger i klubben.[3][4][5] Inför säsongen 2021/2022 blev han utsedd till lagkapten av tränaren Bo Svensson.[6]
Den 6 juli 2022 värvades Niakhaté av Nottingham Forest, där han skrev på ett treårskontrakt.[7] Den 4 juli 2024 värvades Niakhaté av Lyon, där han skrev på ett fyraårskontrakt.[8]